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重庆邮电大学高性能计算与应用研究所 收藏

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研究主题:分子动力学    并行计算    OPENMP    HADOOP    云计算    

研究学科:自动化类    

被引量:37H指数:4WOS: 1 北大核心: 9 CSCD: 10

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基于OpenMP的分子动力学并行算法的性能分析与优化
1
《计算机应用》电子科技大学计算机科学与工程学院;重庆邮电大学高性能计算与应用研究所;Department of Physical Sciences 白明泽 程丽 豆育升 孙世新  出版年:2012
国家自然科学基金资助项目(21073242)
为提高分子动力学模拟在共享内存式服务器上的计算速度,对基于OpenMP的分子动力学并行算法(Critical方法)进行了性能分析与优化。通过在多核服务器上的测试,以及加速比和并行效率的计算分析了Critical方法的并行...
关键词:分子动力学 并行计算 多核中央处理器  OPENMP 临界区  
基于反馈机制的动态负载平衡算法研究
2
《计算机应用研究》重庆邮电大学高性能计算与应用研究所 余敦福 李鸿健 唐红 豆育升  出版年:2012
国家自然科学基金资助项目(21073242)
动态负载平衡是提高多处理器系统资源利用率和并行计算性能的重要途径。为了解决变化负载系统中子任务可并行计算的双重循环(PTM-NL)问题,提出一种基于反馈机制的动态负载平衡算法。该算法以处理器作业速度为负载指标,在循环计算...
关键词:动态负载平衡 反馈  负载指标  双重循环  
基于调度器的Hadoop性能优化方法研究
3
《计算机工程与设计》重庆邮电大学计算机学院;重庆邮电大学高性能计算与应用研究所 刘娟 豆育升 何晨 唐红  出版年:2013
国家自然科学基金项目(21073242)
为了提高Hadoop调度器的调度性能,缩短Hadoop集群的任务整体响应时间,提出了一种基于CPU占用率的动态调度改进算法。首先对Hadoop传统的性能优化方法进行了对比,指出其存在问题的关键是缺乏动态性和灵活性。在此基...
关键词:HADOOP 负载  CPU占用率 云计算 动态调度
基于OpenMP的Multi-Critical分子动力学并行算法优化
4
《计算机应用研究》重庆邮电大学高性能计算与应用研究所;电子科技大学计算机科学与工程学院;Dept.of Physical Sciences 段振华 白明泽 豆育升  出版年:2012
国家自然科学基金资助项目(21073242)
为提高分子动力学模拟在多核共享内存式服务器上的运算速度,在现有的分子动力学并行算法基础上提出了Multi-Critical算法。该算法使用手动划分力矩阵的方法,使多个线程进入不同名的临界区,并使用分块叠加的方法优化了并行...
关键词:分子动力学 并行计算 多核处理器 开放式多处理  临界区  
一种可变周期反馈的动态负载均衡算法
5
《电子测量与仪器学报》电子科技大学计算机科学与工程学院;重庆邮电大学高性能计算与应用研究所 李鸿健 豆育升 唐红 孙世新  出版年:2011
国家自然科学基金(编号:21073242)资助项目
为了提高负载不均衡系统中并行计算效率,基于反馈机制设计动态负载均衡算法。该算法采用可变周期反馈设计,通过反馈负载信息和预测节点处理能力进行任务重分配。将周期长度与负载状态关联,当负载变化频繁时,缩短反馈周期,增强自适应性...
关键词:动态负载均衡 可变周期反馈  负载均衡度  并行效率  
基于OpenMP的Winograd并行矩阵乘算法应用研究
6
《计算机应用研究》重庆邮电大学高性能计算与应用研究所 阳光亮 李鸿健 豆育升 唐红  出版年:2012
国家自然科学基金资助项目(21073242)
为了提高半经典分子动力学模拟中矩阵乘法效率,通过一种稀疏矩阵分解方法化简矩阵乘法,基于OpenMP实现矩阵相乘的Winograd并行算法。该算法将Winograd算法中各部分依次采用OpenMP并行计算,降低了数据通信。...
关键词:分子动力学 矩阵乘 Winograd  并行计算 加速比 OPENMP
MPI+TBB混合并行编程模型在分子动力学中的应用
7
《计算机应用研究》电子科技大学计算机科学与工程学院;重庆邮电大学高性能计算与应用研究所;Department of Physical Sciences 白明泽 赵文辉 豆育升 孙世新 温迪  出版年:2012
国家自然科学基金资助项目(21073242)
为了提高分子动力学模拟在对称多处理(SMP)集群上的计算速度,在分子动力学并行方法中引入MPI+TBB的混合并行编程模型。基于该模型,在分子动力学软件LAMMPS中设计并实现混合并行算法,在节点间采用MPI及空间分解技术...
关键词:分子动力学 混合并行编程模型  SMP集群 MPI 线程构建块  
分子动力学模拟中Cache访问的分析与优化
8
《小型微型计算机系统》重庆邮电大学计算机科学与技术学院;重庆邮电大学高性能计算与应用研究所;尼科尔斯州立大学自然科学系 赵文辉 白明泽 豆育升  出版年:2014
国家自然科学基金项目(21073242)资助
为了提高分子动力学模拟计算在当前具有多级缓存(Cache)结构的处理器上的计算性能,对分子动力学模拟过程中缓存(Cache)的访问特征进行了分析与优化.通过对影响Cache命中率和模拟计算效率的因素进行测试与分析,提出一...
关键词:分子动力学 缓存  CACHE命中率 Atom-reorder  Program  Performance  Application  Interface(PAPI)  
短程力分子模拟在Hadoop上的实现及优化
9
《计算机工程与科学》重庆邮电大学计算机科学与技术学院;重庆邮电大学高性能计算与应用研究所 焦善飞 何晨 豆育升 唐红  出版年:2013
国家自然科学基金资助项目(21073242)
在Hadoop开源云计算平台上运行分子模拟程序,具有节省软硬件投资、缩短模拟时间等研究意义。然而,该平台并不擅长科学计算类应用中所涉及的快速迭代和子任务间通信。为此,在原子分解法基础上提出了三种解决方案并利用"读写HDF...
关键词:分子动力学 云计算 原子分解法  并行算法  HADOOP平台
堆积的胸腺嘧啶体系光物理失活的动力学模拟 ( SCI收录)
10
《物理化学学报》重庆邮电大学高性能计算与应用研究所 豆育升 李伟 袁帅 张文英 李安阳 舒坤贤 唐红  出版年:2011
国家自然科学基金(21073242);重庆市自然科学基金(cstc2011jjA00009);重庆市教委科学技术项目(KJl00507)资助~~
采用半经典动力学方法模拟了π堆积的胸腺嘧啶体系最低激发态的光物理失活过程.设置激光脉冲仅作用于一个胸腺嘧啶分子T,另一胸腺嘧啶分子T'保持基态.模拟发现由于T与T'之间存在π堆积相互作用,导致电荷转移,形成T带负电荷、T...
关键词:胸腺嘧啶 半经典动力学模拟  电荷转移 激基复合物 失活
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