文献类型：期刊文章

作　　者：白明泽[1,2] 赵文辉[2] 豆育升[2,3] 孙世新[1] 温迪[2]

机构地区：[1]电子科技大学计算机科学与工程学院,成都611731 [2]重庆邮电大学高性能计算与应用研究所,重庆400065 [3]Department of Physical Sciences,Nicholls State University

出　　处：《计算机应用研究》

基　　金：国家自然科学基金资助项目(21073242)

年　　份：2012

卷　　号：29

期　　号：5

起止页码：1772-1774

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2011、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2011_2012、IC、INSPEC、JST、RCCSE、UPD、ZGKJHX、ZMATH、核心刊

摘　　要：为了提高分子动力学模拟在对称多处理(SMP)集群上的计算速度,在分子动力学并行方法中引入MPI+TBB的混合并行编程模型。基于该模型,在分子动力学软件LAMMPS中设计并实现混合并行算法,在节点间采用MPI及空间分解技术实施进程级并行,节点内采用TBB及临界区技术实施线程级并行。在SMP集群中的测试表明,该方法在体系较大以及节点数较多时可以明显减少通信时间,使加速比在纯MPI模型上提高45%。结果表明,MPI+TBB混合并行编程模型可促进分子动力学并行模拟且效率明显提升。

关 键 词：分子动力学 混合并行编程模型  SMP集群 MPI 线程构建块  

分 类 号：TP399]