文献类型：期刊文章

作　　者：阳光亮[1] 李鸿健[1] 豆育升[1] 唐红[1]

机构地区：[1]重庆邮电大学高性能计算与应用研究所,重庆400065

出　　处：《计算机应用研究》

基　　金：国家自然科学基金资助项目(21073242)

年　　份：2012

卷　　号：29

期　　号：7

起止页码：2435-2437

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2011、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2011_2012、IC、INSPEC、JST、RCCSE、UPD、ZGKJHX、ZMATH、核心刊

摘　　要：为了提高半经典分子动力学模拟中矩阵乘法效率,通过一种稀疏矩阵分解方法化简矩阵乘法,基于OpenMP实现矩阵相乘的Winograd并行算法。该算法将Winograd算法中各部分依次采用OpenMP并行计算,降低了数据通信。在16核服务器上测试表明,该方法能够显著提高半经典分子动力学模拟中矩阵乘法效率,并行加速比能够达到9.47,并具有良好的可扩展性,为大分子体系的模拟提供了可能。

关 键 词：分子动力学 矩阵乘 Winograd  并行计算 加速比 OPENMP

分 类 号：TP391.9]