期刊文章详细信息
基于OpenMP的Multi-Critical分子动力学并行算法优化
Optimization of parallel algorithm for molecular dynamics based on OpenMP and Multi-Critical
文献类型:期刊文章
机构地区:[1]重庆邮电大学高性能计算与应用研究所,重庆400065 [2]电子科技大学计算机科学与工程学院,成都611731 [3]Dept.of Physical Sciences,Nicholls State University
基 金:国家自然科学基金资助项目(21073242)
年 份:2012
卷 号:29
期 号:7
起止页码:2432-2434
语 种:中文
收录情况:AJ、BDHX、BDHX2011、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2011_2012、IC、INSPEC、JST、RCCSE、UPD、ZGKJHX、ZMATH、核心刊
摘 要:为提高分子动力学模拟在多核共享内存式服务器上的运算速度,在现有的分子动力学并行算法基础上提出了Multi-Critical算法。该算法使用手动划分力矩阵的方法,使多个线程进入不同名的临界区,并使用分块叠加的方法优化了并行算法,提高了并行效率。实验结果表明,对比之前的Critical算法,该算法的加速比和并行效率均有较大幅度的提高。
关 键 词:分子动力学 并行计算 多核处理器 开放式多处理 临界区
分 类 号:TP301.6]
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