文献类型：期刊文章

作　　者：白明泽[1,2] 程丽[2] 豆育升[2,3] 孙世新[1]

机构地区：[1]电子科技大学计算机科学与工程学院,成都610054 [2]重庆邮电大学高性能计算与应用研究所,重庆400065 [3]Department of Physical Sciences,Nicholls State University,Thibodaux,Louisiana 70310,USA

出　　处：《计算机应用》

基　　金：国家自然科学基金资助项目(21073242)

年　　份：2012

卷　　号：32

期　　号：1

起止页码：163-166

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2011、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2011_2012、IC、INSPEC、JST、RCCSE、ZGKJHX、ZMATH、核心刊

摘　　要：为提高分子动力学模拟在共享内存式服务器上的计算速度,对基于OpenMP的分子动力学并行算法(Critical方法)进行了性能分析与优化。通过在多核服务器上的测试,以及加速比和并行效率的计算分析了Critical方法的并行性能,进而提出优化的三角形方法。所提方法中每个线程所计算的粒子数固定,且粒子数目呈阶梯状上升,使得各线程能够错时到达临界区。从而使程序在临界区的闲置时间比Critical方法减半,加速比明显提高。

关 键 词：分子动力学 并行计算 多核中央处理器  OPENMP 临界区  

分 类 号：TP399] O641[计算机类]