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重庆邮电大学生物信息学院生物信息学研究所 收藏

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研究主题:串联质谱    动力学模拟    基因本体    聚类分析    蛋白质鉴定    

研究学科:生物科学类    自动化类    电子信息类    

被引量:27H指数:4WOS: 4 北大核心: 11 CSCD: 11

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14 条 记 录,以下是 1-10

DNA计算机中图的深度优先搜索遍历算法
1
《计算机工程》重庆邮电大学计算机学院;重庆邮电大学生物信息学研究所 魏国辉 杨春德 谭军  出版年:2008
国家自然科学基金资助项目(30600329)
提出DNA计算机中图数据结构的一种设计方法,给出具体的存储结构以及深度优先搜索遍历的算法。该算法实现了在DNA计算机下图元素的遍历。为证明其可行性,给出一个具体的算法实例,描述了DNA计算机上的运行机制。依据分子生物学的...
关键词:DNA计算机 图  深度优先搜索 遍历
植物miRNAs前体的生物信息分析
2
《重庆邮电学院学报(自然科学版)》重庆邮电大学生物信息学院生物信息研究所 陈薇 谭军 何晨  出版年:2006
重庆市科委自然科学基金项目(2005BB5053)
miRNAs前体(pre-miRNAs)是产生成熟miRNAs的基因表达产物,能形成较为稳定的发卡环结构,具有较低的最小折叠自由能(minimal folding free energy,MFE)。在对植物pre-miR...
关键词:拟南芥 MIRNAS 最小自由能  长度  熵  
PAP1/METTL9基因在肺癌细胞中表达谱的生物信息学分析
3
《中国现代医学杂志》重庆邮电大学生物信息学研究所 舒坤贤 夏燕 冉启煤  出版年:2011
国家自然科学基金(No:30770838);重庆市自然科学基金(No:CSTC;2009BB5419);重庆邮电大学博士启动基金(No:A2007-40;A2009-63
目的研究PAP1/METTL9基因在肺癌细胞中的表达谱,进一步了解肺癌发病的分子机制。方法利用GeneSifter软件对人类正常的和永生的肺支气管表皮细胞的基因芯片数据集进行分析,并结合GO工具和KEGG通路分析其生物学...
关键词:PAP1/METTL9基因  基因本体 聚类分析
MRCI及其近似方法下C_2分子X^1Σ_g^+,B^1Δ_g和B′~1Σ_g^+态的势能曲线
4
《中国科学(B辑)》重庆邮电大学生物信息研究所;西北大学现代物理研究所 李安阳 王育彬 豆育升 文振翼  出版年:2007
国家自然科学基金(批准号:20473060);重庆邮电大学引进人才科研启动基金(批准号:A2006-81)资助项目
运用MRCI及其近似方法计算得到C2分子X1Σg+,B1Δg和B′1Σg+3个电子态的势能曲线,并以FCI方法为基准,考察比较各种方法的优缺点.MRCI计算与FCI计算几乎不存在差别,在FCI计算不现实的情况下,MRCI...
关键词:C2 MRCI 势能曲线 非平行误差  
目标-诱饵库搜索策略在蛋白质组质谱鉴定和质控中的应用及研究进展 ( SCI收录)
5
《生物化学与生物物理进展》重庆邮电大学生物信息学研究所;军事医学科学院放射与辐射医学研究所 冯晓东 马洁 常乘 白明泽 朱云平 舒坤贤  出版年:2016
国际合作计划(2014DFB30010);国家重点基础研究发展计划(973)(2013CB910800);国家自然科学基金(21475150,21105121,61501071)资助项目;重庆市研究生科研创新项目(CYS14154)资助
基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质.对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定...
关键词:串联质谱 蛋白质鉴定 目标-诱饵  质量控制  
利用串联质谱鉴定氨基酸突变的生物信息学算法
6
《中国科学:生命科学》重庆邮电大学生物信息学研究所;北京蛋白质组研究中心;中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所 余庆 吴松锋 马洁 朱云平 舒坤贤  出版年:2014
国家自然科学基金(批准号:21105121,21275160);国家高技术研究发展计划(批准号:2012AA020409,2012AA020201);北京市自然科学基金(批准号:5122013)资助项目
氨基酸突变能够改变蛋白的结构和功能,影响生物体的生命过程.基于串联质谱的鸟枪法蛋白质组学是目前大规模研究蛋白质组学的主要方法,但是现有的质谱数据鉴定流程为了提高鉴定结果的灵敏度往往会有意压缩数据库中的氨基酸突变信息.因此...
关键词:氨基酸突变  串联质谱 鸟枪法蛋白质组学  氨基酸突变鉴定  
π堆积的腺嘌呤-胸腺嘧啶体系激发态电荷转移和无辐射失活的半经典动力学模拟
7
《物理化学学报》重庆邮电大学生物信息研究所 张文英 马静 袁帅 舒坤贤 豆育升  出版年:2012
国家自然科学基金(21073242);重庆市自然科学基金(cstc2011jjA00009);重庆市教委科学技术项目(KJ120516)资助~~
采用半经典电子-辐射-离子动力学(SERID)模型模拟了π堆积的腺嘌呤-胸腺嘧啶(A-T)体系激发态的光物理失活过程.设置激光脉冲仅作用于T,模拟发现电子由A转移到T,形成(A+T-)*激基缔合物(exciplex).当...
关键词:DNA碱基  堆积效应  激基缔合物 电荷转移 无辐射失活  
水稻亚种间基因组水平微卫星多态性分析
8
《重庆工商大学学报(自然科学版)》重庆邮电大学生物信息研究所;大连大学生物工程学院;浙江大学农业与生物技术学院 谭军 徐勤民 周其兴 薛庆中  出版年:2007
国家自然科学基金资助项目(3030021);重庆市自然科学基金资助项目(2005BB5053)
从公布的水稻两个亚种(籼稻9311和粳稻Nipponbare)基因组草图序列中,搜寻了所有的完整微卫星位点,发现单碱基重复中A/T重复占大多数,二碱基重复中AT/TA、GA/TC、AG/CT重复居多,三碱基中GGC/GC...
关键词:水稻亚种 基因组 微卫星 多态性 分子进化
5-甲基胞嘧啶及胞嘧啶无辐射失活的半经典动力学模拟和CASSCF计算 ( SCI收录)
9
《物理化学学报》重庆邮电大学生物信息研究所 袁帅 马静 张文英 舒坤贤 豆育升  出版年:2012
国家自然科学基金(21073242);重庆市自然科学基金(CSTC2011jjA00009; CSTC2009BB5419);重庆市教委科学技术项目(KJ120516)资助~~
采用半经典动力学方法模拟了5-甲基胞嘧啶(5m-Cyt)和胞嘧啶(Cyt)在267nm紫外光辐射下的光物理失活过程.模拟发现,5m-Cyt和Cyt的激发态通过C5-C6键的扭曲以及甲基(或H5)和H6原子平面外振动失活....
关键词:5-甲基胞嘧啶  胞嘧啶 半经典动力学模拟  CASSCF 激发态寿命
分子动力学模拟飞秒激光对C_(60)光裂解反应机理的影响 ( SCI收录)
10
《物理化学学报》重庆邮电大学生物信息研究所 李鸿健 李安阳 唐红 豆育升  出版年:2011
国家自然科学基金(21073242)资助项目~~
基于半经典分子动力学方法模拟超快激光诱导的C60光裂解反应.选择能量为2.0eV,半峰全宽(FWHM)分别为40和500fs的激光作用于C60分子,调节脉冲强度使其发生裂解反应,比较长短脉宽飞秒激光对C60裂解反应机理的...
关键词:激光诱导化学反应  C60 光裂解  半经典分子动力学  
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