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大连大学生物信息学与分子设计研究所 收藏

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研究主题:遗传算法    信息熵    多序列比对    生物信息学    多种群遗传算法    

研究学科:自动化类    生物科学类    经济学类    

被引量:60H指数:5EI: 3 北大核心: 6 CSCD: 5

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10 条 记 录,以下是 1-10

一种基于信息熵的多种群遗传算法 ( EI收录)
1
《大连理工大学学报》大连理工大学计算机科学与工程系;大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室;大连大学生物信息学与分子设计研究所 李纯莲 王希诚 赵金城 武金瑛  出版年:2004
国家"973"计划资助项目(19990328);国家自然科学基金资助项目(10272030).
通过模型变换建立了一种约束优化的演化设计模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法.利用最优解在各种群中的存在概率将信息熵概念引入进化过程,构造出一种含有熵的多目标优化模型,利用该模型可以直接显式地给出作为拉格朗日...
关键词:信息熵 群遗传算法  准精确惩罚函数  拉格朗日乘子 约束优化  空间收缩尺度  
应用改进型遗传算法进行药物分子对接设计
2
《计算机工程与应用》大连理工大学电信学院计算机科学技术系;大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室;大连大学生物信息学与分子设计研究所 李纯莲 王希诚 赵金城  出版年:2003
国家自然科学基金项目(编号:10272030);国家973基础研究发展规划项目(编号:19990328)
文章建立了一种约束优化的演化模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法,将信息熵概念引入进化过程,控制各种群寻优搜索时解空间的收缩。该算法用种群的多样性避免遗传进化的早熟现象,并以空间收缩尺度作为停机判椐,有效地控...
关键词:药物设计 药物分子 改进型遗传算法 对接设计  计算机辅助设计
一种新的遗传算法停止准则
3
《辽宁工程技术大学学报(自然科学版)》大连理工大学电信学院计算机科学与工程系;大连大学生物信息学与分子设计研究所 李纯莲 王希诚 赵金城  出版年:2004
国家973计划资助项目(G1999032805);国家自然科学基金资助项目(10272030)
遗传算法因其思想简单、易于实现及不需要目标与约束函数的灵敏度信息等优点而越来越受到国内外广大学者的关注。本文以基于空间收缩的多种群遗传算法中搜索空间的收缩精度作为算法停止准则,并与传统的控制算法收敛的方法进行比较分析,实...
关键词:遗传算法 停止准则  空间收缩  搜索空间
计算机辅助药物分子对接并行演化设计 ( EI收录)
4
《计算机辅助设计与图形学学报》大连理工大学电子与信息工程学院计算机科学与工程系;大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室;大连大学生物信息学与分子设计研究所 李纯莲 王希诚 赵金城  出版年:2005
国家自然科学基金(10272030);国家重点基础研究发展规划项目(19990328)
对分子对接理论作了简单介绍 ,建立了一个基于柔性配体分子与刚性受体分子对接的数学规划模型 ,将分子对接中的构象优化搜索转化为求解约束极小化问题的过程 ,并采用带有空间收缩的多种群并行遗传算法进行求解 在分布式存储的并行机...
关键词:分子对接 结合位点 遗传算法 信息熵 并行计算
药物分子对接中的构象搜索策略
5
《计算机与应用化学》大连理工大学电信学院计算机科学与工程系;大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室;大连大学生物信息学与分子设计研究所 李纯莲 王希诚 赵金城  出版年:2004
国家973项目(19990328);国家自然科学基金项目(10272030)
药物分子对接设计是大规模数据库筛选的理想途径。本文在介绍分子对接理论的基础上,建立了一个数学规划模型,将分子对接中的构象搜索转化为约束极小化问题,并采用带有空间收缩的小种群遗传算法进行求解。在遗传算法中还引入了信息熵的概...
关键词:药物分子对接  构象搜索策略  约束极小化  遗传算法 信息熵 空间收缩尺度  小种群策略  计算机辅助药物设计
多序列渐进比对算法及其改进算法的研究与比较
6
《大连大学学报》大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室;大连大学生物信息学与分子设计研究所 谷俊峰 王希诚 赵金城  出版年:2005
国家自然科学基金重大计划资助项目(90410012);国家973计划资助项目(19990328);大连市科技基金资助项目(200206);大连理工大学研究生院博士生联合培养计划项目(0221);大连大学博士生联合培养资助项目(0303023)
多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着积极的意义.以ClustalW为代表的渐进式多序列比对算法在这个领域取得了很大的成功,成为应用最为广泛的多序列比对程序.但其固有的缺陷阻碍...
关键词:生物信息学 多序列比对 渐进式比对  生物进化 结构预测  蛋白质
基于浮点数编码的信息熵控制多种群遗传算法 ( EI收录)
7
《南京理工大学学报》长春大学计算机科学与技术学院;大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室;大连大学生物信息学与分子设计研究所 李纯莲 王希诚 赵金城  出版年:2004
国家 973项目;国家自然科学基金 (1 0 2 72 0 30 )
在用准精确惩罚函数处理约束优化问题的基础上 ,提出一种基于浮点数编码机制的信息熵控制多种群遗传算法。通过在遗传设计中定义一个新的概率而引入信息熵概念 ,构造出一个信息熵优化模型。该模型不必完全求解 ,即可容易求出作为概率...
关键词:遗传算法 准精确惩罚函数  信息熵
多序列渐进式比对算法研究与比较
8
《生物信息学》大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室;大连大学生物信息学与分子设计研究所 谷俊峰 王希诚 赵金城  出版年:2005
国家重点基础研究发展规划项目(No.2004CB518901);国家自然科学基金(No.10272030)
多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着重要的应用。以ClustalW为代表的渐进式多序列比对算法在这个领域取得了很大的成功,成为应用最为广泛的多序列比对程序。但其固有的缺陷阻碍...
关键词:渐进式  算法研究  多序列比对 序列比对算法 生物信息学 结构预测  进化分析 改进算法  ROSE 仿真程序 蛋白质  代表性  应用  精度  
药物分子对接并行算法设计
9
第8届全国并行计算大会 2004李纯莲 王希诚 陆杰 赵金城  出版年:2004
分子对接是计算机辅助药物分子设计(CAMD)中的一种重要方法,是大规模数据库筛选的理想途径。本文首先对分子对接理论进行了介绍,然后基于柔性配体分子与刚性受体分子的对接过程,建立一个数学规划模型,将分子对接中的构像搜索转化...
关键词:药物设计 分子对接 分子构像  并行计算
基于小波包变换的多序列比对方法
10
《大连大学学报》大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室;大连大学生物信息学与分子设计研究所 谷俊峰 王希诚 赵金城  出版年:2005
国家重点基础研究发展项目(No.2004CB518901);国家自然科学基金重大计划资助项目(90410012);大连理工大学研究生院博士生联合培养计划资助项目(0221);大连大学博士生联合培养资助项目(0303023)
多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着积极的意义.以CLUSTAL W为代表的渐进式比对方法在此这个领域取得了很大的成功,但其固有的缺陷阻碍了其比对精度的进一步提高.本文提出了...
关键词:生物信息学 多序列比对 小波包变换 BAliBASE  
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