文献类型：期刊文章

作　　者：李纯莲[1] 王希诚[2] 赵金城[3]

机构地区：[1]大连理工大学电信学院计算机科学与工程系,辽宁大连116023 [2]大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室,辽宁大连116023 [3]大连大学生物信息学与分子设计研究所,辽宁大连116621

出　　处：《计算机与应用化学》

基　　金：国家973项目(19990328);国家自然科学基金项目(10272030)

年　　份：2004

卷　　号：21

期　　号：2

起止页码：201-205

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2000、CAS、CSCD、CSCD2011_2012、JST、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：药物分子对接设计是大规模数据库筛选的理想途径。本文在介绍分子对接理论的基础上,建立了一个数学规划模型,将分子对接中的构象搜索转化为约束极小化问题,并采用带有空间收缩的小种群遗传算法进行求解。在遗传算法中还引入了信息熵的概念,用熵控制各种群搜索空间的收缩。本方法用种群的多样性避免了遗传进化的早熟现象,以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛。在多种群进化机制上,采用小种群策略,极大程度地减少了计算量,提高了分子对接的效率。实例表明本方法适用于药物分子对接设计。

关 键 词：药物分子对接  构象搜索策略  约束极小化  遗传算法 信息熵 空间收缩尺度  小种群策略  计算机辅助药物设计

分 类 号：R914.2] R-39[药学类]