马克思主义学院负责全校研究生、本科生等各层次学生的思想政治理论课教学和马克思主义理论学科建设工作。其前身为杭州商学院马列主义教学部（成立于1980年），1986年更名为杭州商学院社会科学部。为适应学科发展需要，此后又进行了3次更名与机构合并：2001年为杭州商学院人文与公共管理学院（人文社会科学部）；2004年杭州商学院升格为本科院校后，为浙江工商大学公共管理学院（人文社会科学部）；2007年11月，学校发文撤销人文社会科学部同时成立马克思主义学院，与公共管理学院合署办公；2009年3月与公共管理学院分立，马克思主义学院独立建制。

　　2015年6月，浙江省委宣传部与浙江工商大学签署共建协议，成为浙江省首家部校共建的马克思主义学院（浙江省仅有两家）；2016年获批“中国特色社会主义理论体系研究中心浙江工商大学研究基地”；“道德建设与价值培育研究创新团队”为浙江省重点创新团队。学院拥有马克思主义理论一级学科硕士学位授予权，所属浙江工商大学心理健康教育中心被浙江省社会科学科学界联合会命名为“浙江社会科学普及示范基地”（2012年），被全国社会科学普及工作经验交流会组委会评为“全国优秀人文社科普及基地”(2014 年)。2016年12月，学校院系调整，将哲学系划入马克思主义学院托管。

　　学院有1个省级研究机构：“中国特色社会主义理论体系研究中心浙江工商大学研究基地”；2个校级研究机构：马克思主义理论研究中心和浙江宗教研究中心；下设5个教学研究机构：马克思主义基本原理教研部、马克思主义中国化教研部、中国近现代史基本问题教研部、思想政治教育教研部，大学生心理健康教育教研部；