文献类型：期刊文章

作　　者：陈双扣[1] 唐思[1] 谭小庆[1] 徐曦[1] 杨振宁[2] 任风鸣[3] 孙静怡[1] 胡新龙[1]

机构地区：[1]重庆科技学院化学化工学院,重庆 [2]重庆长风化学工业有限公司,重庆 [3]重庆市药物种植研究所,重庆

出　　处：《药物化学》

年　　份：2022

卷　　号：10

期　　号：4

起止页码：307-317

语　　种：中文

收录情况：IC、RCCSE、普通刊

摘　　要：目的:运用相似性筛选、分子对接筛选方法联合分子动力学模拟技术从天然产物数据库中挖掘松材线虫乙酰胆碱脂酶(Acetylcholinesterase, AChE)抑制剂。方法:运用同源建模技术构建松材线虫乙酰胆碱脂酶AChE的蛋白质结构,并将已知抑制活性的鱼藤酮作为AChE的配体小分子以获得最佳对接参数及对接网格大小。利用结构相似性筛选、类药性评价、分子对接、分子动力学模拟及结合自由能计算等多种策略,从天然产物数据库中筛选AChE抑制剂。结果:经过多轮筛选,共获得21个命中分子,其中前2位最佳命中分子为M1魚藤素小分子,对接分数达−11.0 kcal∙mol−1,其次为M2槐黄烷酮G小分子,对接分数达−10.6 kcal∙mol−1。结合分子动力学模拟,发现魚藤素和槐黄烷酮G小分子与受体蛋白具有强氢键作用和疏水相互作用,能形成稳定的复合物。结合自由能计算结果表明两分子与AChE蛋白结合具有类似的作用方式,有较高的AChE酶抑制活性,为AChE抑制剂开发的有效先导化合物。结论:运用该研究思路从天然产物数据库中挖掘出了对乙酰胆碱酯酶AChE有高抑制活性的小分子化合物,可为松材线虫AChE小分子抑制剂的开发提供物质参考。

关 键 词：松材线虫 乙酰胆碱酯酶(AChE)  分子对接 虚拟筛选  分子动力学模拟

分 类 号：R284[中药学类]