文献类型：期刊文章

作　　者：陈军[1] 赵文辉[2] 莫则尧[1] 李晓梅[3]

机构地区：[1]应用物理与计算数学研究所高性能计算中心,北京100088 [2]国防科学技术大学计算机学院,湖南长沙410073 [3]总装备部指挥技术学院,北京101416

出　　处：《软件学报》

基　　金：国家重点基础研究发展规划(973)No.G199508032805;国家高技术研究发展计划(863)No.863-2002AA104570~~

年　　份：2004

卷　　号：15

期　　号：2

起止页码：170-178

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2000、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2011_2012、EI(收录号：2004248214400)、IC、INSPEC、JST、MR、RCCSE、SCOPUS、ZGKJHX、ZMATH、核心刊

摘　　要：基于MPI(message passing interface)平台实现了HMMER软件包核心程序之一Hmmpfam的大规模并行计算.该版本针对原PVM(parallel virtual machine)并行版本在并行规模扩大后,master易成为通信瓶颈的问题,对通信结构进行了优化,提出了一种新的三层通信结构,在序列和HMM模型的两个层次上实现了并行化,并分别提供了有效的负载平衡策略,同时优化了I/O性能,在700多台处理机上达到95%的效率.

关 键 词：并行计算 基因序列分析 HMMER  

分 类 号：TP311]