文献类型：期刊文章

作　　者：黄劲[1,2] 王洁[3] 牛雪可[4] 邱文[4] 赵亮[4] 王梅竹[4] 康颖倩[4] 冯永红[3] 秦莲花[3]

HUANG Jin;WANG Jie;NIU Xue-ke;QIU Wen;ZHAO Liang;WANG Mei-zhu;KANG Yin-qian;FENG Yong-hong;QIN Lian-hua(Key Laboratory of Environmental Pollution Monitoring and Disease Control of Ministry of Education,Guizhou Medical University,Guiyang,China 550025;Department of Biochemistry and Molecular Biology,Guizhou Medical University;Shanghai Key Laboratory of Tuberculosis,Shanghai Pulmonary Hospital,Tongji University School of Medicine;Department of Microbiology,Guizhou Medical University)

机构地区：[1]贵州医科大学环境污染与疾病监控教育部重点实验室,贵州贵阳550025 [2]贵州医科大学生物化学与分子生物学教研室 [3]同济大学医学院附属上海市肺科医院上海市结核病重点实验室 [4]贵州医科大学基础医学院微生物学教研室

出　　处：《中国病原生物学杂志》

基　　金：国家自然科学基金项目(No.8147009;No.81771692;No.81471563);贵州省科技厅基金项目(黔科合[2010]3154号);贵阳市科技局基金项目(筑科合同[2016]1001号;筑科合同(2017)5-19号)

年　　份：2019

卷　　号：14

期　　号：2

起止页码：125-130

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、CAB、CSCD、CSCD2019_2020、JST、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的应用生物信息学软件分析预测结核分枝杆菌乳清酸核苷-5'-磷酸脱羧酶(orotidine 5'-monophosphate decarboxylase,OMPdecase)的结构与生物学特性。方法采用ProtParam,ProtScale,TMPred,SignalP4.1,NetNGlyc1.0,Netphos3.1,SOPMA,SWISS-MODEL和STRING等生物信息学软件对结核分枝杆菌(Mycobacterium Tuberculosis)H37Rv的pyrF基因及其编码蛋白OMPdecase的理化性质、信号肽、糖基化位点、磷酸化位点、二级结构、三维结构和蛋白-蛋白相互作用网络等进行预测分析。结果预测结核分枝杆菌pyrF基因编码的OMPdecase为相对分子质量27.4×10~3的富含丙氨酸、甘氨酸和缬氨酸的稳定疏水性膜蛋白或胞浆蛋白,不含信号肽,且磷酸化程度较高。α螺旋和无规卷曲为OMPdecase的主要二级结构元件,分别占51.09%和27.37%。同源建模分析显示D93-K95-D98-I99-T102位于活性中心区域内。结论生物信息学方法预测结核分枝杆菌pyrF基因编码的OMPdecase相对分子质量为27.4×10~3,为稳定疏水性膜蛋白或胞浆蛋白,其含有的保守氨基酸残基D93-K95-D98-I99-T102与该蛋白的催化活性密切相关。

关 键 词：PyrF  结核分枝杆菌 结构  功能  生物信息学

分 类 号：R378.911]