文献类型：期刊文章

作　　者：王艳[1] 马文丽[1] 郑文岭[2]

机构地区：[1]第一军医大学分子生物学研究所,中国广东广州510515 [2]广州军区广州总医院医学实验科,中国广东广州510010

出　　处：《生命科学研究》

基　　金：全军十五重大攻关项目资助

年　　份：2003

卷　　号：7

期　　号：3

起止页码：219-223

语　　种：中文

收录情况：AJ、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD_E2011_2012、JST、WOS、ZGKJHX、ZR、普通刊

摘　　要：为了分析SARS(SevereAcuteRespiratorySyndrome)冠状病毒的密码子偏爱性(codonpreference),为SARS冠状病毒基因表达中宿主系统的选择提供参考.运用EMBOSS(TheEuropeanMolecularBiologyOpenSoftwareSuite)的CHIPS(CodonHeterozygosityinaProtein codingSequence)和CUSP(Createacodonusagetable)程序对SARS冠状病毒的6个编码蛋白的基因进行分析,并将这6个编码序列拼接在一起进行全基因组的密码子偏爱性分析.分析结果与大肠杆菌、酵母及人的密码子偏爱性进行比较.结果显示SARS冠状病毒的CHIPS分析Nc(effectivenumberofcodons)值为53.338,S、E、M、N蛋白、3CL水解酶、RNA聚合酶的Nc值分别为45.733,61.000,59.040,46.618,46.924,51.902.编码SARS冠状病毒A,P,R,S,T,L等氨基酸的不同密码子使用频率有较大差异.大肠杆菌有25个、酵母有12个、人有20个密码子与SARS冠状病毒密码子使用偏爱性差异较大.因此可以得出结论:编码SARS冠状病毒氨基酸的密码子出现的频率较均一.SARS冠状病毒的密码子偏爱性与真核生物较接近,与原核生物相差较远,其基因表达选择在酵母等真核系统可能更为合适.

关 键 词：SARS冠状病毒 密码子 偏爱性  密码子异质性  

分 类 号：R373] Q754[基础医学类]