文献类型：期刊文章

作　　者：王琪[1] 丁砚书[1] 耿宝宝[1] 聂玉敏[1]

WANG Qi;DING Yan-Shu;GENG Bao-Bao;NIE Yu-Min(Department of Bioinformatics,School of Biomedical Engineering and Informatics,Nanjing Medical University,Nanjing 210029,China)

机构地区：[1]南京医科大学生物医学工程与信息学院生物信息学系,南京210029

出　　处：《生物化学与生物物理进展》

基　　金：江苏省自然科学基金青年基金项目(BK20161026);江苏省高校自然科学研究面上项目(16KJB180022);南京医科大学科技发展基金重点项目(2015NJMUZD003)资助~~

年　　份：2019

卷　　号：46

期　　号：4

起止页码：406-414

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、BIOSISPREVIEWS、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2019_2020、IC、JST、RCCSE、SCIE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：染色质互作是真核生物基因组组装的基础,并且在调控真核基因细胞特异性表达中发挥重要作用.染色质互作的发生与特定的蛋白质有关,目前已经发现CTCF (CCCTC binding facor,转录阻抑物)和黏连蛋白与染色质互作相关,然而并不清楚是否还有其他蛋白质参与染色质互作.我们将整合高通量染色体构象捕获(Hi-C)和染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)数据,在GM12878和K562细胞系中挖掘与染色质互作相关的转录因子,并对发现的转录因子做功能分析.我们在频繁发生互作的染色质位点中发现RUNX3、SPI1等转录因子也可能参与染色质互作.另外,通过FP-growth的数据挖掘方法还发现多个转录因子可能协同作用参与染色质互作.研究结果将为染色质互作相关实验的开展提供先验知识.

关 键 词：染色质互作  转录因子 FP-GROWTH Hi-C  

分 类 号：Q811.4[生物工程类]