文献类型：期刊文章

作　　者：刘庆坡[1] 谭军[2] 薛庆中[1]

机构地区：[1]浙江大学农业与生物技术学院农学系,杭州310029 [2]杭州华大基因研发中心,杭州310007

出　　处：《Acta Genetica Sinica》

基　　金：国家自然科学基金 (3 9870 42 ) ;浙江省"2 0 0 3C2 0 0 7"和"8812"项目资助~~

年　　份：2003

卷　　号：30

期　　号：4

起止页码：335-340

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2000、BIOSISPREVIEWS、CAB、CAS、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2011_2012、EBSCO、EMBASE、IC、JST、PUBMED、SCIE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊

摘　　要：利用籼稻品种 93 11的全基因组序列及相应的EST数据 ,对影响同义密码子用法的若干因子进行了详细分析。指出 93 11基因的表达水平 (mRNA丰度 )与 3个同义密码子偏性指标CAI、CPP和ENC相关极显著 (r =0 2 2 7 ,0 14 5 和 - 0 14 7 ) ,表明高表达的基因其同义密码子非随机使用的程度越大 ;基因长度与CAI和CPP极显著负相关 (r=- 0 4 13 和 - 0 4 80 ) ,与ENC极显著正相关 (r=0 2 10 ) ,暗示较短的基因具有更高的转录活性 ;编码区G +C含量对其同义密码子偏性的贡献率远高于mRNA丰度和基因长度 ,G +C含量与CAI、CPP和ENC相关系数分别高达 0 877 ,0 832 和 - 0 74 0 ;起始编码区内A、T、C、G 4种碱基呈明显的 3周期振荡 ,尤以ATG下游第一个密码子所在的 3个位点 (+4、+5和 +6 )偏置最强烈 ,由此认为在这 3个特殊位点有较高的自然选择压存在 ;93 11中 2 5个最优密码子的首次确定将对水稻转基因具有指导意义。

关 键 词：水稻 同义密码子使用偏性  基因表达水平 基因长度 编码区G+C含量  起始编码区  最优密码子  

分 类 号：S511.21]