文献类型：期刊文章

作　　者：代涵[1] 申铁[1] 石桃雄[2] 黎瑞源[1]

Dai Han;Shen Tie;Shi Taoxiong;Li Ruiyuan(Guizhou Provincial Key Laboratory of Information and Computing Science,Guizhou Normal University,Guiyang 550001,Guizhou,China;College of Life Sciences/Buckwheat Industry Technology Research Center,Guizhou Normal University,Guiyang 550001,Guizhou,China)

机构地区：[1]贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室,贵州贵阳550001 [2]贵州师范大学生命科学学院/荞麦产业技术研究中心,贵州贵阳550001

出　　处：《作物杂志》

基　　金：贵州师范大学2017年度学术新苗培养及创新探索专项(黔科合平台人才[2017]5726-18);贵州省科技计划项目(黔科合基础[2017]1126);油茶分子设计育种和绿色丰产关键技术创新与应用(黔科合支撑[2022]重点017号)。

年　　份：2024

期　　号：3

起止页码：23-31

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2023、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：利用NCBI数据库中油茶(Camellia oleifera Abel)全基因组序列挖掘SSR位点,并基于Primer 3.0软件设计引物,筛选多态性较高的引物进行遗传多样性的评价。以油茶全基因组序列数据为基础,检测1 661 881个SSR位点,总长为2 889 508 820 bp,发生频率为63.22%。单核苷酸重复类型最多(61.72%),其次为二核苷酸(28.59%)和三核苷酸重复单元(6.90%)。分析重复序列位点发现,油茶SSR中包含337种类型重复基序,主要以A/C为主要重复单元,优势基序依次为A/T(60.46%)、AG/TC(13.88%)、AT/TA(12.09%)、AC/TG(2.86%)、AAT/TTA(2.54%)。在每条染色体上挑选10对引物进行引物合成(共150对),并检测其多态性。结果得出129对引物能扩增出目标条带,其中25对引物能在材料间扩增出特异性条带。利用油茶全基因组序列可实现SSR标记的大规模开发,并可鉴定出适用于油茶遗传多样性分析、遗传图谱构建和品种鉴定等研究的SSR引物。

关 键 词：油茶 基因组 SSR 种质资源 遗传多样性  

分 类 号：S794.4]