文献类型：期刊文章

作　　者：许一丹[1] 谢成彬[2] 苏喆[2] 王频佳[1]

XU Yidan;XIE Chengbin;SU Zhe;WANG Pinjia(Department of Clinical Laboratory,School of Medical Laboratory Science,Chengdu Medical College,Chengdu,Sichuan 610500,China;Department of Laboratory Medicine,Sichuan Provincial Maternitv and Child Health Care Hospital,Chengdu,Sichuan 610045,China)

机构地区：[1]成都医学院检验医学院临床微生物学教研室,四川成都610500 [2]四川省妇幼保健院/成都医学院附属妇女儿童医院检验科,四川成都610045

出　　处：《检验医学与临床》

基　　金：四川省大学生创新创业训练计划项目(S202013705085);成都医学院研究生创新基金项目(YCX2022-03-17);成都医学院检验医学院自然科学基金(JYZK202206);四川省妇幼保健院菁英人才科研启动项目(ZC6.16)。

年　　份：2024

卷　　号：21

期　　号：9

起止页码：1224-1228

语　　种：中文

收录情况：CAS、JST、RCCSE、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：目的通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、16S rRNA序列分析和全基因组测序(WGS)对从临床标本中分离的1株疑似盐单胞菌进行菌种鉴定,比较3种方法的鉴定结果。方法采用MALDI-TOF MS对待测菌进行蛋白质图谱收集,通过比对图谱特征峰实现菌种鉴定;对菌株进行16S rRNA基因测序,将测序结果与数据库比对;待测菌WGS后进行序列比对分析,具体包括使用ANIm和ANIb 2种方法计算平均核苷酸一致性(ANI)以及与基因组分类数据库(GTDB)进行比对;基于全基因组序列中的16S rRNA序列和看家基因序列构建系统进化树,以及基于COG和KEGG功能对基因组进行聚类分析。结果MALDI-TOF MS对待测菌株的鉴定结果是Halomonas hamiltonii;经16S rRNA序列分析,发现待测菌株与3种盐单胞菌(Halomonas hamiltonii、Halomonas stevensii和Halomonas johnsoniae)的相似度均>99%,且相似度差异非常小,因此无法进行准确的菌种鉴定;基于WGS的基因序列比对、系统发育树、聚类分析均显示待测菌与Halomonas stevensii的亲缘关系更为接近。结论3种方法对分离的1株疑难菌的菌种鉴定结果有差异,MALDI-TOF MS的菌种鉴定操作更加方便、快速,非常适用于临床检验工作;基于WGS的细菌鉴定更适合用于遗传特征相似的菌种之间的鉴别。

关 键 词：细菌鉴定 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 16S rRNA序列  全基因组测序

分 类 号：R446.5]