文献类型：期刊文章

作　　者：刘玉婷[1] 喻莹[1] 黎桂珍[1] 史沁雪[2] 李彬彬[1]

LIU Yuting;YU Ying;LI Guizhen;SHI Qinxue;LI Binbin(Department of Pathophysiology,School of Basic Medical Sciences,Guangdong Medical University,Dongguan 523808,China;School of Second Clinical Medical Sciences,Guangdong Medical University,Dongguan 523808,China)

机构地区：[1]广东医科大学基础医学院病理生理学教研室,广东东莞523808 [2]广东医科大学第二临床医学院,广东东莞523808

出　　处：《吉林大学学报（医学版）》

基　　金：国家自然科学基金项目(81502411);广东省科技厅自然科学基金项目(2023A1515010448);广东省东莞市科技局社会发展科技重点项目(20231800936042);广东医科大学大学生创新实验项目(ZYDS004)。

年　　份：2024

卷　　号：50

期　　号：2

起止页码：379-391

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2023、CAS、CSCD、CSCD_E2023_2024、EMBASE、JST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的:基于生物信息学方法分析富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达情况、临床意义以及与肿瘤免疫浸润的关系,并探讨其作用机制。方法:利用癌症基因图谱(TCGA)数据库、基因表达综合(GEO)数据库中GSE30784和GSE13601数据集、临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)数据库、基因表达交互分析(GEPIA)数据库和Kaplan-Meier plotter数据库分析SRSF9在HNSCC中的表达及与患者临床病理特征和预后的关系;利用cBioPortal数据库分析SRSF9基因变异情况;应用ESTIMATE算法和肿瘤免疫估计资源(TIMER)数据库评估SRSF9表达与肿瘤微环境和肿瘤免疫细胞浸润的关系;利用LinkedOmics数据库分析SRSF9在HNSCC中的共表达基因及其调控通路;基于TCGA SpliceSeq数据库分析HNSCC中SRSF9调控的可变剪接事件,并对靶基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果:TCGA数据库、GEO数据库中GSE30784和GSE13601数据集分析,HNSCC组织中SRSF9 mRNA表达水平较癌旁正常组织明显升高(P<0.01);CPTAC数据库分析,与正常组织比较,HNSCC组织中SRSF9蛋白表达水平明显升高(P<0.001)。TCGA数据库分析,SRSF9 mRNA表达与HNSCC患者病理分级(P=0.004)和HPV感染(P=0.031)有关联。GEPIA和Kaplan-Meier plotter数据库分析,HNSCC组织中SRSF9 mRNA高表达均与患者总生存期(OS)较差相关[风险比(HR)=1.40,P=0.019;HR=1.55,P=0.003]。cBioPortal数据库分析,HNSCC中SRSF9基因拷贝数变异(CNV)占26.85%,其CNV与SRSF9 mRNA表达水平呈正相关关系(r=0.44,P<0.001)。ESTIMATE算法分析,SRSF9 mRNA高表达组基质评分和免疫评分均较SRSF9 mRNA低表达组低(P<0.001),肿瘤纯度则高于SRSF9 mRNA低表达组(P<0.001)。TIMER数据库分析,SRSF9 mRNA表达水平与CD4+T淋巴细胞浸润呈正相关关系(r=0.186,P<0.001),而与B淋巴细胞、CD8+T淋巴细胞和树突状细胞浸润呈负相关关系(r=-0.26

关 键 词：头颈部 鳞状细胞癌 富含丝氨酸/精氨酸剪接因子9  可变剪接 肿瘤免疫 生物信息学  

分 类 号：R739.91]