文献类型：期刊文章

作　　者：赵卓明[1,2] 刘振浩[2] 鲁曼曼[2] 张钰[2] 许林锋[2] 谢鹭[1,2]

ZHAO Zhuoming;LIU Zhenhao;LU Manman;ZHANG Yu;XU Linfeng;XIE Lu(Department of Food Science and Engineering,College of Food Science&Technology,Shanghai Ocean University,Shanghai 201306,China;Shanghai-MOST Key Laboratory of Health and Disease Genomics&Institute of Geonome and Bioinformatics,Shanghai Institute for Biomedical and Pharmaceutical Technologies,Shanghai 200237,China)

机构地区：[1]上海海洋大学食品学院食品科学与工程学科(系),上海201306 [2]上海市生物医药技术研究院基因组与生物信息研究所,上海市疾病与健康基因组学重点实验室,上海200237

出　　处：《上海交通大学学报（医学版）》

基　　金：国家自然科学基金(31870829)。

年　　份：2023

卷　　号：43

期　　号：12

起止页码：1520-1528

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2020、CAS、CSCD、CSCD2023_2024、DOAJ、EMBASE、JST、SCOPUS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的·探究非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)免疫相关特征,发掘V-J基因中的肿瘤潜在标志物,为建立T细胞受体(T-cell receptor,TCR)-抗原识别预测模型提供基础。方法·收集704例NSCLC样本,用于构建一套系统的TCR组库分析流程,涵盖从原始数据到质控、过滤、TCR序列的识别和提取等上游分析部分,以及组库克隆分布、克隆分型、V-J基因共享性、互补决定区3(CDR3)分布特征以及克隆追踪等下游分析流程。使用Shannon-Weiner指数、Chao1等指数分析样本克隆分布。根据克隆扩增数目进行克隆分型,以探索不同分型间的差异。选取2例甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)样本进行去克隆扩增权重V-J基因共享分析,以探究低频克隆型对V-J基因共享性的影响。最后,通过分析V基因及高频克隆型CDR3分布特征和克隆追踪分析,监测肿瘤免疫前后克隆型频率的变化,寻找潜在的肿瘤标志物。结果·①NSCLC不同组织间克隆分布和克隆分型均存在显著差异,且在不同年龄与性别间存在显著差异。②在V-J基因共享性分析中发现了特定高共享V-J基因,同时在CDR3分布特征分析中存在非正态分布的高克隆V基因与氨基酸高频克隆型。③高频克隆型克隆追踪分析中,观察到NSCLC中高表达或新表达的高频克隆型,提示这些克隆型可作为潜在的肿瘤相关抗原或新抗原结合CDR3参考序列。④通过去克隆扩增权重V-J基因共享分析,发现原本低表达的TRBJ2-5基因表达频率显著增加,提示该基因可能为肿瘤免疫反应的潜在低频关键基因。结论·TRAV21和TRBV6.5基因在NSCLC中高克隆扩增,可作为潜在肿瘤标志物。

关 键 词：T细胞受体 TCR组库  肿瘤免疫 非小细胞肺癌

分 类 号：Q939.91] R730.3]