文献类型：期刊文章

作　　者：马钧[1] 樊安平[2] 王武生[2] 张金川[2] 江晓军[2] 马瑞军[2] 贾社强[2] 刘飞[2] 雷初朝[1] 黄永震[1]

Jun Ma;Anping Fan;Wusheng Wang;Jinchuan Zhang;Xiaojun Jiang;Ruijun Ma;Sheqiang Jia;Fei Liu;Chuchao Lei;Yongzhen Huang(College of Animal Science and Technology,Northwest A&F University,Yangling 712100,China;Shaanxi Provincial Livestock Breeding Farm,Baoji 722203,China)

机构地区：[1]西北农林科技大学动物科技学院,杨凌712100 [2]陕西省农牧良种场,宝鸡722203

出　　处：《遗传》

基　　金：陕西省重点研发计划项目(编号:2023-YBNY-141);财政部与农业农村部-国家现代农业产业技术体系(编号:CARS-37)资助。

年　　份：2023

卷　　号：45

期　　号：7

起止页码：602-616

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、CSCD、CSCD2023_2024、IC、JST、PUBMED、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：在畜禽资源保护中,群体遗传多样性和遗传结构是决定保种效果的重要因素。本研究采用全基因组重测序技术检测100头秦川牛(30头公牛、70头母牛)的基因组变异,通过分析群体遗传多样性、连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)分布特征、亲缘关系和家系结构,对秦川牛的保种效果进行了综合评估。结果显示,100头秦川牛共检测到20,968,017个高质量SNPs位点,平均最小等位基因频率为0.191±0.124,平均多态信息含量为0.279±0.131,平均观察杂合度为0.275±0.131,平均期望杂合度为0.279±0.131,表明秦川保种群遗传多样性较为丰富。秦川牛保种群体平均状态同源(identity by state,IBS)遗传距离为0.243±0.020,其中公牛为0.242±0.021,亲缘关系G矩阵结果与IBS距离矩阵结果一致,均显示秦川牛保种群部分个体间亲缘关系较近。100头秦川牛个体共检测到8258个基因组ROH,ROH总长度为9.64 GB,平均ROH长度为1.167±1.203 Mb,69.35%的ROH是长度为0.5~1 Mb的短ROH。个体平均ROH总长度为96.40 Mb。基于ROH的平均近交系数为0.039±0.039,其中30头秦川公牛的平均近交系数为0.044±0.035,表明部分公牛个体存在一定程度的近交积累。进化树结果显示,秦川牛保种群所测个体可分为8个家系,包括7个含公牛家系和1个不含公牛家系。本研究表明,秦川牛保种群的遗传多样性较为丰富,未出现较大程度近交积累,但部分个体间存在近交风险,应强化选配以确保秦川牛资源的可持续发展。

关 键 词：秦川牛  全基因组重测序  遗传多样性  遗传结构  亲缘关系

分 类 号：S823.2]