文献类型：期刊文章

作　　者：路帅[1] 李文杰[1] 徐紫薇[1] 陶恒[2] 张磊[3] 陆进[2,4]

Lu Shuai;Li Wenjie;Xu Ziwei;Tao Heng;Zhang Lei;Lu Jin(School of Clinical Medicine,Bengbu Medical College,Bengbu,Anhui 233030,China;Teaching and Research Office of Anthropotomy,Bengbu Medical College,Bengbu,Anhui 233030,China;The Second Affiliated Hospital of Bengbu Medical College,Bengbu,Anhui 233030,China;Anhui Key Laboratory of Digital Medicine and Smart Health,Bengbu Medical College,Bengbu,Anhui 233030,China)

机构地区：[1]蚌埠医学院临床医学院,安徽蚌埠233030 [2]蚌埠医学院人体解剖学教研室,安徽蚌埠233030 [3]蚌埠医学院第二附属医院,安徽蚌埠233030 [4]蚌埠医学院数字医学与智慧健康安徽省重点实验室,安徽蚌埠233030

出　　处：《齐齐哈尔医学院学报》

基　　金：安徽省教育厅自然科学研究重点项目(KJ2021A0755);2021年教育部产学合作协同育人项目(202101160001);蚌埠医学院大学生创新训练项目(bydc2022042)。

年　　份：2023

卷　　号：44

期　　号：11

起止页码：1001-1010

语　　种：中文

收录情况：JST、普通刊

摘　　要：目的通过生物信息学方法分析乳腺癌(Breast cancer,BC)关键基因SDC1,并分析其与M1型巨噬细胞的相关性。方法从GEO数据库下载3组BC芯片GSE42568、GSE71053和GSE8977数据,筛选其差异表达基因(Differential Expression Genes,DGEs),并进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Gene and Genome,KEGG)通路富集分析。利用STRING数据库和Cytoscape软件筛选DEGS中HUB基因。从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载BC的RNAseq数据和相关临床信息,利用R语言对HUB基因进行单因素和多因素COX回归分析、列线图绘制以及关键基因的免疫检查点分析和风险预后分析;通过UALCAN与GEPIA数据库验证HUB基因的表达和预后;利用TIMER及GEPIA2021数据库进行关键基因与巨噬细胞相关性分析。结果共得到197个DEGs,其GO功能的生物学过程(BP)与细胞黏附、凋亡过程和细胞分化等有关,细胞成分(CC)主要富集在细胞外小体、细胞表面和染色质等位置,分子功能(MF)与锌离子结合、转录因子活性及整合素结合等相关,而KEGG通路主要富集在PI3K-Akt信号通路、黏着斑以及癌症中的蛋白聚糖等通路。通过逐步筛选得到BC的关键HUB基因SDC1,其在BC组织中高表达,且不利于患者预后。SDC1与SIGLEC15、IDO1、CD274,HAVCR2、CTLA4和PDCD1LG2等免疫检查点基因显著正相关(P<0.05),且也与巨噬细胞(r=0.189;P<0.05)以及M1型巨噬细胞(r=0.072;P<0.05)显著相关,同时也与M1型巨噬细胞标志物NOS2、CXCL10、IRF5、IL1A、IL1B、TLR2、TLR4、CD80及CD86等显著相关(P<0.05)。此外,高表达的M1型巨噬细胞显著利于BC患者的预后(P<0.05)。结论SDC1是BC的关键基因,并与M1型巨噬细胞显著相关,可成为BC潜在的免疫治疗靶点。

关 键 词：乳腺癌 生物信息学 巨噬细胞 免疫分析

分 类 号：R737.9]