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子痫前期孕妇胎盘组织中circRNA表达谱及circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络分析
Circular RNA expression profiles and circRNA-miRNA-mRNA crosstalk in pre-eclamptic placenta
文献类型:期刊文章
Liao Lingyun;Liu Min;Zhang Yanping;Yin Yangxue;Wei Xiaohong;Gao Linbo;Zhou Rong(Department of Obstetrics and Gynecology,West China Second University Hospital,Sichuan University Ministry of Education Key Laboratory of Birth Defects and Related Diseases of Women and Children National Health Commission Key Laboratory of Chronobiology,Chengdu 610041,China;Laboratory of Molecular and Translational Medicine,West China Second University Hospital,Sichuan University Ministry of Education Key Laboratory of Birth Defects and Related Diseases of Women and Children National Health Commission Key Laboratory of Chronobiology,Chengdu 610041,China)
机构地区:[1]四川大学华西第二医院妇产科,出生缺陷与相关妇儿疾病教育部重点实验室,国家卫生健康委员会时间生物学重点实验室,成都610041 [2]四川大学华西第二医院分子与转化医学实验室,出生缺陷与相关妇儿疾病教育部重点实验室,国家卫生健康委员会时间生物学重点实验室,成都610041
基 金:国家重点研发计划(2021YFC2701601);国家自然科学基金(81871175);四川省科技厅重点研发项目(2021YFS0208)。
年 份:2023
卷 号:58
期 号:6
起止页码:430-441
语 种:中文
收录情况:BDHX、BDHX2020、CAS、CSCD、CSCD2023_2024、EMBASE、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、ZGKJHX、核心刊
摘 要:目的通过高通量测序鉴定子痫前期(PE)孕妇胎盘组织中环状RNA(circRNA)的表达谱,构建circRNA-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)相互作用网络,揭示PE发病的相关通路及调控机制。方法收集2019年11月至2021年6月在四川大学华西第二医院分娩的42例PE孕妇(PE组)和30例正常妊娠孕妇(对照组)的临床资料并采集其胎盘组织。(1)采用高通量测序技术建立其中5对PE组和对照组孕妇胎盘组织中的差异表达circRNA谱。(2)实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证其中6个差异表达circRNA在PE组和对照组胎盘组织中的表达水平。(3)使用生物信息学方法预测靶miRNA和分析共表达mRNA,构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络;并对差异表达circRNA进行基因本体(GO)功能注释分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。(4)采用logistic回归分析、Pearson相关、Kendall tau-b相关分析检验3个差异表达circRNA与PE发生风险、临床特征的相关性。(5)选择circRNA_05393进行后续功能研究,使用小分子干扰RNA、过表达质粒分别敲低或提高滋养细胞系HTR-8/SVneo细胞中circRNA_05393的表达水平,采用穿膜小室(transwell小室)体外实验检测细胞的迁移、侵袭能力,活细胞计数法检测细胞的增殖能力,细胞成管实验检测细胞的成管能力。结果(1)高通量测序发现了72个差异表达circRNA,其中35个上调,37个下调。(2)qRT-PCR技术检测显示,与对照组比较,PE组孕妇胎盘组织中circRNA_00673(分别为1.306±0.168、2.059±0.242;t=2.356,P=0.021)和circRNA_07796(分别为1.275±0.232、1.954±0.230;t=2.018,P=0.047)的表达水平显著升高,而circRNA_05393(分别为1.846±0.377、0.790±0.094;t=3.138,P=0.002)的表达水平显著降低。(3)circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络中包含3个circRNA、8个miRNA和53个mRNA。GO分析显示,生物过程方面主要富集于铁离子稳态、动作电位膜去极化和神经元动作电位等通路,细胞组分方面主要富集于皮质细胞�
关 键 词:子痫前期 RNA,环状 微RNAS RNA,信使 胎盘 基因表达谱 高通量核苷酸序列分析
分 类 号:R714.244]
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