文献类型：期刊文章

作　　者：王凡灏[2] 来鲁华[1,2,3] 张长胜[1,2]

WANG Fanhao;LAI Luhua;ZHANG Changsheng(Center for Quantitative Biology,Academy for Advanced Interdisciplinary Studies,Peking University,Beijing 100871,China;BNLMS,College of Chemistry and Molecular Engineering,Peking University,Beijing 100871,China;Peking-Tsinghua Center for Life Science,Peking University,Beijing 100871,China)

机构地区：[1]北京大学前沿交叉学科研究院定量生物学中心,北京100871 [2]北京大学化学与分子工程学院,北京分子科学国家研究中心,北京100871 [3]北京大学-清华大学生命科学联合中心,北京100871

出　　处：《合成生物学》

基　　金：国家自然科学基金(21977007)。

年　　份：2023

卷　　号：4

期　　号：3

起止页码：551-570

语　　种：中文

收录情况：CSCD、CSCD2023_2024、普通刊

摘　　要：环肽在调控蛋白质-蛋白质相互作用方面具有独特的优势,在新药研发领域受到了越来越多的关注。蛋白质相互作用界面一般较大而平坦,相较于小分子化合物,环肽分子更容易获得与这些靶标位点结合的高亲和力和高特异性。相较于线性多肽或蛋白质,环肽结构一般具有更大的骨架刚性,更难被酶降解,从而在代谢上更稳定,而且环肽更易于通过修饰改造增加跨膜活性,从而结合细胞内的靶标蛋白。结构数据和结构建模方法是开发基于靶标结构计算设计环肽药物的基础。本文分析了蛋白质结构数据库中环肽与靶标蛋白结合情况,介绍了目前环肽构象生成或结构预测的四类主要算法;总结了基于靶标结构计算设计环肽分子的主要方法,包括基于分子对接的虚拟筛选方法、借助于动力学模拟的设计方法、从头生成的设计方法以及具有跨膜活性的环肽设计方法;并展望了数据驱动的机器学习方法在环肽设计领域中的可能应用以及未来环肽药物分子开发的可能方向。

关 键 词：环肽 多肽药物 多肽设计  构象生成  

分 类 号：Q816[生物工程类]