文献类型：期刊文章

作　　者：刘金婵[1] 许德华[2] 李让[3] 唐田书[1] 陈铭[1] 陈晓琳[1] 饶绍奇[1]

LIU Jinchan;XU Dehua;LI Rang(不详;Institute of Medical Systems Biology,School of Public Health,Guangdong Medical University,Guangdong,Dongguan 523808,China)

机构地区：[1]广东医科大学公共卫生学院医学系统生物学研究所,广东省东莞市523808 [2]广东省广州市黄埔区疾病预防控制中心 [3]重庆市合川区疾病预防控制中心

出　　处：《河北医药》

基　　金：国家自然科学基金(编号:81373085);广东医科大学基金(编号:STIF201122)。

年　　份：2023

卷　　号：45

期　　号：7

起止页码：971-975

语　　种：中文

收录情况：CAS、JST、RCCSE、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：目的通过整合多组学公共数据,构建由circRNA介导的非小细胞肺癌(NSCLC)特异性ceRNA网络并识别与NSCLC患者预后相关的生物标志物。方法首先,按|log2(Foldchange)|>1和adj-P<0.05的标准,对circRNA、miRNA、mRNA数据进行差异分析,获得差异circRNA(DEcircRNA)、miRNA(DEmiRNA)和mRNA(DEmRNA),使用秩集聚法整合确定最优的DEcircRNA。然后,利用miRanda、RNAhybrid算法确定DEcircRNA-DEmiRNA的调控对,使用miRTarbase数据库确定DEmiRNA-DEmRNA调控关系,由此构建由DEcircRNA介导的NSCLC特异性ceRNA网络并提取核心子网络;最后,对子网络进行GO和KEGG富集分析以及生存分析,以阐明其生物学和临床意义。结果通过对circRNA、miRNA-seq、RNA-seq及临床信息进行分析,构建circRNA-miRNA-mRNA网络并提取了核心子网络(含8个DEcircRNA、10个miRNA和38个mRNA),即NSCLC特异性ceRNA子网。GO分析显示子网主要参与中性粒细胞激活参与免疫反应、核受体活性等过程;KEGG显示集中于MAPK信号通路和p53信号通路等通路。最后,生存分析得到子网络中显著影响NSCLC患者预后的14个基因(ANGPTL4、FOXM1、HMGA2、HOXA1、OPRM1、PMAIP1、LDHA、TWIST1、MTFR1、PLK1、MAP3K8、TGFBR2、BTK和CX3CR1)。结论构建了由circRNA介导的NSCLC特异性ceRNA网络具有明确的生物学意义和临床意义,为进一步开展NSCLC相关机制和预后标志物研究提供了基础数据。

关 键 词：非小细胞肺癌 竞争性内源RNA  多组学数据  网络生物学  预后生物标记物  

分 类 号：R734.2]