文献类型：期刊文章

作　　者：吴民华[1] 邹振宁[1] 叶晓霞[1] 梁艳清[1] 陈妹[2] 黄琼林[1]

WU Minhua;ZOU Zhenning;YE Xiaoxia;LIANG Yanqing;CHEN Mei;HUANG Qionglin(School of Basic Medicine,Guangdong Medical University,Zhanjiang 524023 Guangdong,China;The First Clinic Medical College,Guangdong Medical University,Zhanjiang 524023 Guangdong,China)

机构地区：[1]广东医科大学基础医学院,广东湛江524023 [2]广东医科大学第一临床医学院,广东湛江524023

出　　处：《中药新药与临床药理》

基　　金：广东省中医药局科研项目(20201188,20201185);广东省医学科研基金项目(A2019527)。

年　　份：2023

卷　　号：34

期　　号：1

起止页码：115-122

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAS、CSCD、CSCD2023_2024、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的 明确露兜树Pandanus tectorius Soland叶绿体基因组的结构、序列特征和系统进化关系。方法 以露兜树叶片总DNA为材料,采用illumina NovaSeq高通量测序列平台进行叶绿体基因组测序,利用生物信息学工具对其进行组装、注释和特征分析,并基于最大似然法构建系统进化树。结果 露兜树叶绿体基因组呈典型的环状四分体结构,全长为157 747 bp,其中大单拷贝区的长度为85 929 bp,小单拷贝区的长度为17 992 bp,两个反向互补区的长度则均为26 913 bp。共含有131个基因,其中蛋白编码基因85个,核糖体RNA基因8个,转运RNA基因38个。露兜树叶绿体基因组密码子偏向使用A或T碱基结尾;共检测到144个简单重复序列,其中以A或T碱基的单核苷酸重复为主。基于叶绿体基因组序列的系统进化分析显示露兜树与同目植物巴拿马草同源性较高。结论 获得了露兜树叶绿体基因组序列及其特征信息,为该药用植物的分子标记开发和遗传多样性研究奠定了基础。

关 键 词：露兜树  叶绿体基因组 密码子偏好性 简单重复序列 系统进化

分 类 号：R282[中药学类]