文献类型：期刊文章

作　　者：付小聪[1] 余光创[1] 郭艳芳[1]

FU Xiaocong;YU Guangchuang;GUO Yanfang(Department of Bioinformatics,School of Basic Medical Sciences,Southern Medical University,Guangzhou 510515,China)

机构地区：[1]南方医科大学基础医学院生物信息学系,广东广州510515

出　　处：《南方医科大学学报》

基　　金：国家自然科学基金青年基金(81302228);广东省高等学校优秀青年教师培育基金(YQ2015032)。

年　　份：2022

卷　　号：42

期　　号：12

起止页码：1822-1831

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAS、CSCD、CSCD2021_2022、EAPJ、EMBASE、IC、JST、PUBMED、RCCSE、SCOPUS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的探讨19个组蛋白赖氨酸去甲基化酶(KDMs)在膀胱癌多组学中的表达模式与潜在作用。方法本研究使用UALCAN和GSCALite分析来自TCGA的膀胱癌样本的KDMs的转录表达和甲基化水平、体细胞变异多组学高通量测序数据。使用Kaplan Meier-Plotter和Assistant for clinical bioinformatics探讨KDMs的表达对BLCA样本的预后影响。利用Timer和GSCALite分析KDMs在膀胱癌中的免疫浸润和药物敏感性。结果分析结果首先揭示了KDMs在膀胱癌多组学中的表达特征,并不是所有KDMs都具有一致的表达模式。转录组数据分析显示KDM1A/1B/2B/4A/4B/5B/5C的表达上调(P<0.05),而KDM3B/6B/7C的表达下调。甲基化水平差异分析显示KDM1A/3B/4A/4B/4C/5A/5B/5C/7B的甲基化水平下调,而KDM7C甲基化水平上调(P<0.05)。相关性分析显示,14个KDMs家族成员的转录水平与甲基化水平呈负相关,其中KDM1A最显著。突变分析显示,KDM6A非同义突变频率最高,突变种类最多,且与其它KDMs的非同义突变具有互补性。生存分析显示,KDM3A/4C/5D/6A/7B对BLCA患者总生存率具有保护性作用,而KDM3B/5B/5C对BLCA患者无复发生存率具有危险性影响。综合预后模型证实KDM4C/6A/7B具有膀胱癌预后生物标志物的潜在作用,其表达与BLCA患者免疫浸润呈正相关。药物敏感性分析显示,KDM2B/3B/4B/4C/5A与大多数抗癌药物呈负相关,而KDM2B/4B与6种抗癌药物呈正相关(P<0.05)。结论本研究系统性地揭示了KDMs基因家族在膀胱癌中的高突变互补性、过表达与低甲基化负相关性的特征,并与膀胱癌预后、免疫浸润和药物敏感性密切相关。

关 键 词：膀胱癌 组蛋白赖氨酸去甲基化酶  多组学  

分 类 号：R737.14]