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期刊文章详细信息

玉米籽粒淀粉含量全基因组关联分析和候选基因预测    

Genome-wide association study and candidate gene prediction of kernel starch content in maize

  

文献类型:期刊文章

作  者:王锐璞[1] 董振营[1,2] 高悦欣[1] 鲍建喜[1] 殷芳冰[1] 李金萍[2] 龙艳[1,2] 万向元[1,2]

WANG Rui-Pu;DONG Zhen-Ying;GAO Yue-Xin;BAO Jian-Xi;YIN Fang-Bing;LI Jin-Ping;LONG Yan;WAN Xiang-Yuan(Zhongzhi International Institute of Agricultural Biosciences,Shunde Graduate School,School of Chemistry and Biological Engineering,Research Center of Biology and Agriculture,University of Science and Technology Beijing(USTB),Beijing 100083,China;Beijing Engineering Laboratory of Main Crop Bio-Tech Breeding,Beijing International Science and Technology Cooperation Base of Bio-Tech Breeding,Beijing Solidwill Sci-Tech Co.Ltd.,Beijing 100192,China)

机构地区:[1]北京科技大学生物与农业研究中心/化学与生物工程学院/顺德研究生院/北京中智生物农业国际研究院,北京100083 [2]北京首佳利华科技有限公司/主要作物生物育种北京市工程实验室/生物育种北京市国际科技合作基地,北京100192

出  处:《作物学报》

基  金:国家重点研发计划项目“农业生物种质资源挖掘与创新利用”重点专项(2021YFD1200700)资助。

年  份:2023

卷  号:49

期  号:1

起止页码:140-152

语  种:中文

收录情况:AJ、BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、CSCD、CSCD2023_2024、DOAJ、EAPJ、EBSCO、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、ZGKJHX、核心刊

摘  要:玉米是重要的粮食作物,其籽粒重量的70%来自于淀粉。淀粉不仅是人类及其他动物的主要能量来源,同时也是化工等行业的重要原料。本研究利用711份玉米自交系作为关联群体,对2个环境下玉米籽粒湿基淀粉含量和干基淀粉含量进行统计分析,结合覆盖玉米全基因组的2799个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,通过FarmCPU模型对玉米籽粒淀粉含量性状开展全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),共关联到67个显著SNP位点,其中23个高可信度显著SNP位点可在多个环境重复检测到。3个高可信度SNP标记位点为本研究首次发现与玉米籽粒淀粉含量相关,其余20个SNP标记位于前人已定位QTL(quantitative trait locus)置信区间或/和已报道与籽粒淀粉含量显著相关SNP标记1 Mb之内。进一步通过基因功能注释、基因本体论(gene ontology,GO)分析及籽粒胚乳基因表达分析,在23个高可信度显著SNP位点上下游各200 kb候选区间共挖掘45个重要候选基因,涉及淀粉生物合成与代谢、碳水化合物代谢、糖代谢、激素代谢等途径,同时检测到2个已报道调控玉米籽粒淀粉含量的基因Ae1和Pin1。通过等位变异效应分析鉴定出9个主效SNP位点及其优异等位变异。本研究为深入解析玉米籽粒淀粉含量遗传机制提供了新的信息,为加速培育高产、优质玉米新品种提供重要基因资源。

关 键 词:玉米 籽粒淀粉含量 全基因组关联分析 候选基因

分 类 号:S513]

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