文献类型：期刊文章

作　　者：李龙召[1,2] 黄平平[3] 徐奎栋[1,2,4] 赵峰[1,2,4]

LI Long-zhao;HUANG Ping-ping;XU Kui-dong;ZHAO Feng(Department of Marine Organism Taxonomy and Phylogeny Institute of Oceanology,Chinese Academy of Sciences,Qingdao 266071,China;University of Chinese Academy of Sciences,Beijing 100049,China;Shandong Key Laboratory of Biophysics,Institute of Biophysics,Dezhou University,Dezhou 253023,China;Center for Ocean Mega-Science,Chinese Academy of Sciences,Qingdao 266071,China)

机构地区：[1]中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室,山东青岛266071 [2]中国科学院大学,北京100049 [3]山东省生物物理重点实验室,德州学院生物物理研究院,山东德州253023 [4]中国科学院海洋大科学研究中心,山东青岛266071

出　　处：《海洋科学》

基　　金：国家自然科学基金资助项目(41876171)。

年　　份：2022

卷　　号：46

期　　号：7

起止页码：52-60

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAS、CSCD、CSCD2021_2022、JST、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：环境DNA(eDNA)技术结合高通量测序已广泛应用于评价微型生物多样性与群落构成。相较于eDNA,RNA在环境中易降解,环境RNA(eRNA)可更准确地反映群落近期生命活性状态。理论上,基于eRNA检获的生物多样性要低于eDNA检获的总体多样性。但前期已发表研究显示同一站点eDNA获得的多样性低于eRNA检获量,推测可能原因包括:1)样本量不同;2)RNA中存在DNA污染。为验证假设,本研究以陆架区2个站位沉积物中的纤毛虫为实验对象,系统性比较4种DNA/RNA提取方法:DNA直接提取(0.9 g沉积物),大样本量DNA直接提取(2 g),DNA洗脱法(2 g),RNA直接提取法(2 g);以及3种RNA提取后的处理方法:无DNA酶反转录,含DNA酶反转录,先纯化RNA再反转录。研究结果表明,大样本量(2 g)DNA直接提取法所检获的可操作分类单元(OTUs)约为小样本量(0.9 g)的2倍。相同样本量下,DNA洗脱法检获的OTUs最多,而DNA直接提取检获的OTUs低于有/无DNA酶反转检获的数量,先纯化再反转录所获得OTUs最少。就群落构成而言,DNA洗脱法和RNA纯化可有效降低浮游类群比例,可更真实展现底栖群落的构成。综上,建议使用DNA洗脱法评价沉积物中微型生物的总体多样性;采用eRNA研究具有生命活性的生物群落时,反转录之前可纯化RNA,以获得更加准确的具有生命活性的群落信息。

关 键 词：EDNA eRNA  DNA/RNA提取  纤毛虫 分子多样性

分 类 号：Q958]