文献类型：期刊文章

作　　者：梁文娟[1] 胡爱玲[1] 龙金照[2] 朱金钦[1] 段广才[2]

Liang Wenjuan;Hu Ailing;Long Jinzhao;Zhu Jinqin;Duan Guangcai(Department of Epidemiology and Statistics,School of Public Health,Xinxiang Medical University,Xinxiang 453003,China;Department of Epidemiology,College of Public Health,Zhengzhou University,Zhengzhou 450001,China)

机构地区：[1]新乡医学院公共卫生学院流行病与卫生统计教研室,新乡453003 [2]郑州大学公共卫生学院流行病教研室,郑州450001

出　　处：《中华流行病学杂志》

基　　金：新乡医学院博士课题(XYBSKYZZ201805)。

年　　份：2022

卷　　号：43

期　　号：8

起止页码：1321-1325

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAS、CSCD、CSCD2021_2022、EAPJ、EMBASE、IC、JST、PUBMED、RCCSE、SCOPUS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的评价并验证成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPRs)、血清学和多位点测序分型(MLST)方法对大肠埃希菌分型的效果。方法使用CRISPRsFinder分析大肠埃希菌全基因组序列的CRISPRs间隔序列,使用在线软件SeroTypeFinder和MLST获得血清型和序列型(ST);采用PCR扩增并分析349株大肠埃希菌CRISPRs,使用CRISPRs间隔序列预测血清型和ST,并比较血清学和MLST分型结果。结果将I-E型CRISPR/Cas、I-F型CRISPR/Cas和CRISPR3-4分别命名CT-Ⅰ、CT-Ⅱ和CT-Ⅲ。根据CRISPRs间隔序列构成和排列进一步进行分型,203株大肠埃希菌被分为79个CT型别,76个血清型和66个ST。CRISPRs分型的区分能力最强,辛普森指数为0.936。CRISPRs和血清学的关联程度最高,调整兰德指数为0.908。CRISPRs型能进一步区分相同血清或ST产志贺毒素的大肠埃希菌[O157∶H7(ST11)、O104∶H4(ST678)和O26∶H11(ST21)]菌株。扩增实验室菌株的CRISPR1、CRISPR2、CRISPR3、CRISPR4和CRISPR3-4,检出率分别为81.1%、94.5%、1.4%、1.4%和4.6%;根据CRISPRs间隔序列预测O157∶H7(ST11)和ST131准确率分别为95.0%和100.0%。结论基于CRISPRs的大肠埃希菌的分子分型方法呈现较好的分型效果和临床应用效果,预期可以成为大肠埃希菌分型的重要分子标志物。

关 键 词：大肠埃希菌 成簇规律间隔短回文重复序列  血清型 多位点测序分型  

分 类 号：R446.5]