文献类型：期刊文章

作　　者：罗通宇[1,2] 曾俊源[1,2] 吕奕琳[1,2] 周峻岗[1,2] 余垚[1,2] 吕红[1,2]

LUO Tongyu;ZENG Junyuan;LÜYilin;ZHOU Jungang;YU Yao;LÜHong(State Key Laboratory of Genetic Engineering,Fudan University,Shanghai 200438,China;Shanghai Engineering Research Center of Industrial Microorganisms,School of Life Sciences,Fudan University,Shanghai 200438,China)

机构地区：[1]复旦大学遗传工程国家重点实验室,上海200438 [2]复旦大学生命科学学院上海工业菌株工程技术研究中心,上海200438

出　　处：《复旦学报（自然科学版）》

基　　金：国家自然科学基金面上项目(31770094,31970068)。

年　　份：2022

卷　　号：61

期　　号：3

起止页码：303-312

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAS、CSCD、CSCD_E2021_2022、JST、RCCSE、ZGKJHX、ZMATH、核心刊

摘　　要：马克斯克鲁维酵母(Kluyveromyces marxianus)是一种富有潜力的新型细胞工厂宿主菌。K.marxianus FIM1(CGMCC No.10621)基因组组装与注释已于2019年完成并在NCBI上公布(GCA_001854445.2),但在应用该基因组信息时发现其仍不完善。所以本研究使用重测序的DNA-seq数据校验了K.marxianus FIM1的基因组序列,随后补充了K.marxianus FIM1的注释,并使用比较基因组学的方法进一步完善了K.marxianus FIM1的基因组信息。根据重测序比对结果,删除了测序数据无法覆盖的位点61处,共4910bp。K.marxianus FIM1新序列总长为10909543bp,可覆盖酵母目保守基因库中99.5%的基因。同时对K.marxianus FIM1的非编码RNA、次级代谢产物基因簇的也进行了补充注释。进一步,我们使用基因组共线性分析的方法分析了K.marxianus FIM1在物种分化过程中基因排列顺序保守的区域,并将K.marxianus FIM1与NCBI公布的11株K.marxianus进行了种内基因组比较。发现12株K.marxianus早在约180万年前分化为两个亚型,它们共有的同源基因家族有4009个,基因组中核心基因平均占比为79.88%,预测K.marxianus为闭合型泛基因组,核心基因数为3760个,为K.marxianus FIM1遗传学的研究与遗传工程的改造提供了数据支持。

关 键 词：马克斯克鲁维酵母 基因组校验  基因组注释 比较基因组学

分 类 号：Q36]