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基于转录组数据挖掘桑树bHLH转录因子家族
Mining bHLH Transcription Factor Family of Mulberry based on Transcriptome Data
文献类型:期刊文章
Li Jisheng;Li Na;Jia Manli;Wang Binbin;Fan Wei;Xia Aihua(Universities R&D Center for Sericulture and Specialty Enabling Technologies,Sericultural Research Institute,Chengde Medical University,Chengde,067000)
机构地区:[1]承德医学院蚕业研究所,河北省高校特产蚕桑应用技术研发中心,承德067000
基 金:河北省科技厅课题(20326336D);河北省“三三三”人才工程资助项目(A201903008);河北省教育厅青年基金(QN2018118)共同资助。
年 份:2022
卷 号:20
期 号:6
起止页码:1798-1810
语 种:中文
收录情况:BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊
摘 要:bHLH转录因子在植物生长发育调节、生物/非生物胁迫应答以及次生代谢过程中发挥着重要的调控作用,但有关桑树bHLH转录因子的报道还相对较少,这不利于开展相关方面的探索。本研究通过生物信息学技术鉴定到54个桑树bHLH转录因子,并对其保守序列、基因结构、蛋白进化和组织表达进行了分析。结果表明,桑树bHLH转录因子含有2个保守功能域,位于N端的碱性区域和C端的HLH区域。N端的碱性区域由12个氨基酸残基组成,其中第9位和第10位上的精氨酸具有较强的保守性;C端的HLH区域由45个氨基酸组成,第20和50位上的亮氨酸高度保守,可能与二聚体的形成有关。在基因结构方面,大部分转录因子均含有内含子结构,相位类型有23种,以0和0-0型为主,各有10个基因。从蛋白家族系统进化上看,桑树bHLH蛋白与同源性较近的拟南芥序列交错排布,被划分在4个大的进化组中。多数基因在桑树的根、皮、冬芽、雄花和叶片中均有表达,5个基因具有明显的组织特异性,但表达量较低。本研究为进一步开展桑树bHLH转录因子的功能研究提供了理论依据。
关 键 词:桑树 bHLH转录因子 生物信息学分析 组织表达 转录组
分 类 号:S888.2]
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