文献类型：期刊文章

作　　者：王子予[1] 程超[1] 朱敏杰[1] 肖敏[2] 查云飞[3] 简少卿[1] 赵大显[1]

WANG Ziyu;CHENG Chao;ZHU Minjie;XIAO Min;ZHA Yunfei;JIAN Shaoqing;ZHAO Daxian(Jiangxi Provincieal Key Laboratory of Aquatic Animal Resources and Utilization,School of Life Sciences,Nanchang University,Nanchang 330031,China;Ji’an Jinggangshan Agricultural Science and Technology Park,Ji’an,Jiangxi 330034,China;Jinggangshan Muyun Special Animal Breeding Co.Ltd,Ji’an,Jiangxi 330034,China)

机构地区：[1]南昌大学生命科学学院/江西省水产动物资源与利用重点实验室,江西南昌330031 [2]江西省吉安市井冈山农业科技园,江西吉安343000 [3]井冈山沐云特种动物养殖有限公司,江西吉安343000

出　　处：《江西农业大学学报》

基　　金：国家重点研发计划蓝色粮仓科技创新专项(2018YFD0901704)。

年　　份：2022

卷　　号：44

期　　号：2

起止页码：422-434

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、CSCD、CSCD2021_2022、IC、JST、RCCSE、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：【目的】阐明养殖密度对西伯利亚杂交鲟(西伯利亚鲟Acipenser baerii♀×施氏鲟Acipenser schrenckii♂)生长性能的影响机制,获得最适宜的养殖密度,为该品种健康养殖提供理论数据。【方法】选取规格一致、健康无病的初始体质量为(7.89±1.45)g的西伯利亚杂交鲟幼鱼,设置低密度组(LD,0.465 kg/m2)、中密度组(MD,0.694 kg/m2)和高密度组(HD,0.930 kg/m2)3个不同的养殖密度进行为期90 d的生产试验,每个密度设置3个重复,每个重复组取1肌肉组织共9个样品进行RNA-seq测序和生物信息学分析。【结果】共得到60.70 Gb Clean Data,各样品的Clean Data均达到6.30 Gb,Q20和Q30碱基百分比在97.45%和93.42%以上;将小体鲟(Acipenser ruthenus)的基因组作为参考基因组进行比对,比对效率在72.64%~74.38%,发掘15549个新基因;将新基因进行注释发现,12636个新基因得到注释,2913个新基因未得到注释;进一步对3个密度组两两比较进行差异表达基因分析,共得到611个非冗余差异表达基因(DEGs),其中LD vs HD和LD vs MD比较组有33个共同DEGs,LD vs HD和MD vs HD比较组有40个共同DEGs,LD vs MD和MD vs HD比较组有31个共同DEGs,只有1个DEG是3个比较组共有;GO功能富集分析发现,这些DEGs主要富集在GTPase活性的增加、肌球蛋白复合物、肌动蛋白结合、ATP结合以及锌离子结合等二级节点中。在此基础上,通过人工筛选与生长应激相关的二级节点,获得了27条与生长应激相关的差异基因,其中包括调控生长轴GH/IGF的生长激素受体(GHR)和胰岛素样生长因子1和2(IGF-1、IGF-2)。选取9条表达差异倍数大的基因进行qRT-PCR验证发现,其mRNA表达趋势均与转录组分析中的表达趋势一致。【结论】不同养殖密度条件下,西伯利亚杂交鲟幼鱼生长、应激等相关基因的表达模式发生显著变化。

关 键 词：西伯利亚杂交鲟  幼鱼 RNA-seq技术  养殖密度 转录组分析  

分 类 号：S965.215]