文献类型：期刊文章

作　　者：蔡一鸣[1] 代江鹏[1] 郑雨欣[1] 任英毅[1] 陈浩明[1] 冯婷婷[1] 高晓霞[2] 朱爽[1]

CAI Yi-ming;DAI Jiang-peng;ZHENG Yu-xin;REN Ying-yi;CHEN Hao-ming;FENG Ting-ting;GAO Xiao-xia;ZHU Shuang(Guangdong Province Key Laboratory for Biotechnology Drug Candidates,School of Biosciences and Biopharmaceutics,Guangdong Pharmaceutical University,Guangzhou 510006,China;School of Pharmacy,Guangdong Pharmaceutical University,Guangzhou 510006,China)

机构地区：[1]广东药科大学生命科学与生物制药学院,广东省生物技术候选药物研究重点实验室,广东广州510006 [2]广东药科大学药学院,广东广州510006

出　　处：《中草药》

基　　金：国家自然科学基金资助项目(81102418)。

年　　份：2022

卷　　号：53

期　　号：6

起止页码：1828-1837

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、CSCD、CSCD2021_2022、EMBASE、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的应用分子生物学鉴定技术,筛选出应用于鉴定钩藤属物种的最佳DNA条形码,建立快速、准确、便捷的钩藤属植物鉴定方法。方法从广东、广西等地收集了8个钩藤属物种的叶片、茎枝作为材料,共计44份样品。提取样品总DNA,分别对条形码ITS、matK、psbA-trnH、rbcL、trnL-trnF序列进行扩增、测序、拼接、校对;利用MEGA 7.0分析比对序列特征;基于Taxon DNA计算种内、种间的遗传距离以分析barcoding gap及Best Match、Best Close Match评估DNA条形码的鉴别能力;使用MEGA7.0、Phylosuite等软件构建单条形码及组合条形码的最大似然法(maximum likelihood,ML)、最大简约法(maximum parsimony,MP)、贝叶斯推断法(bayesian inference,BI)系统发育树。结果条形码ITS、matK、psbA-trnH、rbcL、trnL-trn F序列均扩增成功且具有较高的测序成功率,其中psb A-trn H具有最多的变异位点,ITS次之,rbc L最少;Best Match、Best Close Match与Barcoding gap分析结果显示:5个单一条形码中,ITS鉴定钩藤属物种效果突出且具有明显的Barcoding gap,而组合条形码ITS+rbcL序列表现更为优异。基于所有单一条形码构建的系统发育树,ITS序列的物种鉴别成功率最高,能够准确鉴定8个钩藤属物种;基于组合条形码构建的系统发育树,ITS+rbcL序列具有最高的平均节点支持率,且该序列集包含的11个钩藤属物种均能单独聚为一支。结论应用ITS+rbc L的序列组合能够实现钩藤属不同物种的准确鉴定。

关 键 词：钩藤属  DNA条形码 物种鉴定 ITS RBCL TaxonDNA  系统发育分析

分 类 号：R282.12[中药学类]