文献类型：期刊文章

作　　者：胡媛媛[1] 刘子琦[1] 乔子祺[1] 陈欣[1] 尹华雯[1] 姚波[1,2]

HU Yuan-yuan;LIU Zi-qi;QIAO Zi-qi;CHEN Xin;YIN Hua-wen;YAO Bo(School of Chemistry and Chemical Engineering,Chongqing University of Science and Technology,Chongqing Municipal Key Laboratory of Fermentative Microbes,Chongqing 401331,China)

机构地区：[1]重庆科技学院化学化工学院,重庆401331 [2]工业发酵微生物重庆市重点实验室,重庆401331

出　　处：《中国生物制品学杂志》

基　　金：国家重点研发计划项目(SQ2020YFF0423685);重庆市社会民生科技创新专项项目(cstc2016shmszx20006,cstc2017shms-kjfp80022);工业发酵微生物重庆市重点实验室(LIFM201715);重庆科技学院研究生科技创新计划项目(YKJCX1920503;YKJCX2020528)。

年　　份：2022

卷　　号：35

期　　号：2

起止页码：150-158

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、CSCD、CSCD_E2021_2022、EMBASE、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的对斑马鱼Hepcidin-2基因结构进行生物信息学分析,并设计优化其抗菌活性。方法选取斑马鱼Hepcidin-2作为目的基因,通过Tblastn进行多序列同源性比对得到Hepcidin基因家族的核苷酸和氨基酸序列,利用生物信息学方法分析其进化关系、理化性质、信号肽、跨膜结构、二级结构、三级结构等;收集和筛选多个物种的Hepcidin序列152条,计算成熟肽各个位置最大频率的氨基酸,得到序列模板,并对序列模板进行预测。结果抗菌肽(antimicrobial peptide,AMP)活性中心空间结构高度保守,C-末端及信号肽区域形成跨膜螺旋结构,成熟肽部分存在β-折叠,得到的序列模板预测具有抗真菌活性,对肺炎克雷伯菌有抗菌活性,对人红细胞有溶血活性。结论建立了序列模板法优化AMP序列和预测其抗菌活性的技术路线,为改造天然AMP,扩大其在临床和生产中的应用提供了理论支持和技术支撑。

关 键 词：HEPCIDIN 斑马鱼 基因结构 生物信息学  抗菌活性 优化设计

分 类 号：Q784]