文献类型：期刊文章

作　　者：王晖[1] 王敬[1] 高妍夏[1] 杨帆[1] 马宝俊[1] 谷苗[2] 张乘云[2] 薛翠翠[3] 谢岩[1]

Wang Hui;Wang Jing;Gao Yanxia;Yang Fan;Ma Baojun;Gu Miao;Zhang Chengyun;Xue Cuicui;Xie Yan(Sericulture Institute of Chengde Medical University/Applied Technology Research and Development Center of Sericulture and Specialty of Hebei Universities,Chengde 067000,China;School of Basic Medical Sciences,Chengde Medical University,Chengde 067000,China;School of Nursing,Chengde Medical University,Chengde 067000,China)

机构地区：[1]承德医学院蚕业研究所/河北省高校特产蚕桑应用技术研发中心,河北承德067000 [2]承德医学院基础医学院,河北承德067000 [3]承德医学院护理学院,河北承德067000

出　　处：《山东农业科学》

基　　金：河北省自然科学基金青年项目(C201806033);河北省高等学校科学技术研究项目(BJ2018032);承德医学院高层次人才科研启动基金项目(201604);河北省科技厅“技术创新引导专项-科技工作会商”。

年　　份：2022

卷　　号：54

期　　号：1

起止页码：14-20

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、JST、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：本研究对家蚕中肠、脂肪体进行转录组测序,分析SSR位点的分布规律和特征。结果表明,从17915个Unigene中共检测到1339个SSR位点,分布在960个Unigene中。SSR位点的基序长度以1bp为主,随着基序长度的增加,SSR位点数量逐渐减少,SSR位点间的距离和平均长度逐渐增加。家蚕SSR单核苷酸基序类型以A/T为主,占总基序数量的53.10%。SSR位点重复次数主要集中在5~12次,占总SSR位点数的87.60%,其中单核苷酸重复10次的SSR位点最多,共有368个。家蚕转录组SSR基序长度分布范围为10~688bp,高度多态性SSR位点(长度≥20bp)有253个,占比18.89%。960个Unigene中分别有125、122个在GO、KEGG数据库中得到功能注释,主要包括蛋白结合、DNA结合、剪接体、代谢途径等通路。随机选择20对EST-SSR引物进行验证,发现19条引物扩增成功。

关 键 词：家蚕 转录组测序 简单重复序列(SSR)  特征分析  

分 类 号：S881.26]