文献类型：期刊文章

作　　者：李敏[1] 张丹丽[1] 李荣荣[1] 雷廷[1] 宋鲜梅[1] 卜文俊[2]

LI Min;ZHANG Dan-Li;LI Rong-Rong;LEI Ting;SONG Xian-Mei;BU Wen-Jun(Department of Biology, Taiyuan Normal University, Jinzhong, Shanxi 030619, China;Institute of Entomology, College of Life Sciences, Nankai University, Tianjin 300071, China)

机构地区：[1]太原师范学院生物系,山西晋中030619 [2]南开大学生命科学学院昆虫学研究所,天津300071

出　　处：《昆虫学报》

基　　金：国家自然科学基金项目(31501840,31820103013);山西省高等学校科技创新项目(2020L0511);生态环境部生物多样性调查评估项目(2019HJ2096001006);山西省“1331工程”重点创新团队(TD201718)。

年　　份：2022

卷　　号：65

期　　号：1

起止页码：31-43

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、CSCD、CSCD2021_2022、JST、PROQUEST、RCCSE、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：【目的】中华大仰蝽Notonecta chinensis为中国和日本冲绳分布的重要水生天敌昆虫,可用于蚊虫的生物防治。本研究旨在建立中华大仰蝽转录组数据库,挖掘其基因信息。【方法】采用高通量测序平台Illumina NextSeq500对中华大仰蝽进行转录组测序、de novo组装及生物信息学分析;利用MISA软件基于转录组unigenes数据进行SSR新分子标记筛选。毛细管电泳检测SSR多态性。【结果】总计获得34782282条clean reads(NCBI SRA数据库登录号:SRR13259254),组装成37801条unigenes,N50为913 bp。将unigenes与已知数据库比对进行基因功能注释,分别有36474,32470,27781,35079和5638条序列注释到nr,Swiss-Prot,GO,eggNOG和KEGG数据库。通过GO数据库注释,unigenes的功能可分为生物学过程、细胞组分和分子功能三大类,其中参与细胞、细胞部分及结合功能的unigenes比例较大。eggNOG数据库注释结果显示,37801条unigenes归到25个基因家族,注释到未知功能的最多。KEGG代谢通路富集分析显示,5638条unigenes注释到245个代谢通路,注释到核糖体的数目最多。此外,用MISA软件在转录组测序数据中的37801条unigenes中搜索到3124个SSR位点(占总unigenes的8.26%),发生频率为7.07%。通过PCR筛选出16个SSR位点。7个中华大仰蝽地理种群3个位点NcCF/NcCR,NcKF/NcKR和NcLF/NcLR的多态信息含量(PIC)分别为0.870,0.902和0.857,具高度多态性。【结论】本研究成功获得了中华大仰蝽转录组数据,为其基因功能分析提供了分子理论基础;SSR新标记的开发为中华大仰蝽遗传多样性分析、隐存种鉴定及基因图谱构建提供了更丰富的候选分子标记。

关 键 词：中华大仰蝽  转录组 SSR 基因注释 Illumina NextSeq  

分 类 号：Q969.35]