文献类型：期刊文章

作　　者：孙伟丽[1] 刘居新[2] 王莉莉[3] 张秋月[3] 王鹏[1] 徐晓娜[3] 董全江[1,3]

SUN Weili;LIU Juxin;WANG Lili;ZHANG Qiuyue;WANG Peng;XU Xiaona;DONG Quanjiang(Department of Central Laboratory,the Affiliated Qingdao Municipal Hospital of Dalian Medical University,Qingdao 266071;Department of Clinical Laboratory,the Affiliated Qingdao Municipal Hospital of Qingdao University Medical College;Department of Central Laboratory,the Affiliated Qingdao Municipal Hospital of Qingdao University Medical College,China)

机构地区：[1]大连医科大学附属青岛市市立医院中心实验室,山东青岛266071 [2]青岛大学医学院附属青岛市市立医院检验科 [3]青岛大学医学院附属青岛市市立医院中心实验室

出　　处：《胃肠病学和肝病学杂志》

基　　金：国家自然科学基金面上项目(31870777)。

年　　份：2021

卷　　号：30

期　　号：10

起止页码：1101-1106

语　　种：中文

收录情况：CAS、JST、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：目的分析晚期胃癌(advanced gastric cancer,AGC)患者和早期胃癌(early gastric cancer,EGC)患者菌群的结构、组成,进一步确定胃癌进展相关的菌群特征。方法本研究共纳入60例胃癌患者,黏膜标本取自于癌性病灶切缘>5 cm的正常胃黏膜组织。提取组织基因组DNA,采用高通量测序分析胃黏膜菌群,以EGC组菌群为对照,利用线性判别效应(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)分析AGC组和EGC组菌群组成差异;采用受试者工作特性曲线下面积-随机森林(optimizing the area under the receiver operating characteristic curve of the random forest,AUC-RF)算法建立随机森林(random forest,RF)模型,对胃癌进展相关菌群特征进行分析。结果EGC组菌群Shannon多样性指数为2.454,明显低于AGC组(2.673),差异有统计学意义(t=2.577,P=0.013),而Chao 1指数EGC组略高于AGC组,但差异无统计学意义(t=0.619,P=0.538)。主成分分析(principal coordinate analysis,PCoA)结果发现两组患者胃菌群出现明显集中,并可以相互区分(P=0.04)。LEfSe分析结果显示,LDA值≥2.0的细菌共12个属,分别为Thermus、Burkholderia、Pseudomonas、Brevibacillus、Stenotrophomonas、Salinivibrio、Uruburuella、Schlegelella、Bradyrhizobium、Nocardioides、Bacillus和Ochrobactrum。采用AUC-RF算法得到一个最优的24个细菌属组合能够最大限度地区分AGC组和EGC组(AUC=0.916,95%CI:0.841~0.990,灵敏性=0.800,特异性=0.767)。结论在胃癌进展过程中,胃菌群在组成及多样性方面发生明显改变,并发现了24个细菌属组合能够很好地区分AGC组和EGC组菌群,与胃癌进展密切相关。本研究从菌群角度为辅助临床判断胃癌进程,为探索胃癌进展相关的菌群变化提供新的理论依据和新路径。

关 键 词：晚期胃癌 早期胃癌 胃菌群  随机森林  线性判别效应  

分 类 号：R735.2]