文献类型：期刊文章

作　　者：石桃雄[1] 黎瑞源[2] 黄娟[1] 陈庆富[1] 梁成刚[1]

SHI Tao-xiong;LI Rui-yuan;HUANG Juan;CHEN Qing-fu;LIANG Cheng-gang(Research Center of Buckwheat Industry Technology,Guizhou Normal University,Guiyang 550001,China;Key Laboratory of Information and Computing Science of Guizhou Province,Guiyang 550001,China)

机构地区：[1]贵州师范大学,荞麦产业技术研究中心,贵州贵阳550001 [2]贵州省信息与计算科学重点实验室,贵州贵阳550001

出　　处：《江西农业学报》

基　　金：国家现代农业产业体系荞麦育种岗位科学家专项(CARS-08-A4);贵州省科技支撑项目(黔科合ZC[2019]2298);贵州省荞麦种质资源保育及创新重点实验室建设基金(黔教合KY[2017]002)。

年　　份：2021

卷　　号：33

期　　号：8

起止页码：1-5

语　　种：中文

收录情况：CAB、CAS、JST、RCCSE、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：对甜荞根转录组的SSR位点进行了统计分析,并设计了引物。利用Misa软件在长度大于200 bp的55392条Transcripts中,共检索到3906个SSR位点,出现频率为1/1.709 kb。随着Transcripts长度的增加,含SSR序列的比例和SSR分布频率均增加。单、二和三核苷酸重复类型共占SSR位点总数的95.80%,其中单核苷酸重复数量最多,占48.13%;(A)_(n)、(AG)_(n)和(AAG)_(n)分别是单、二和三核苷酸重复的优势基序,分别占47.51%、7.65%和9.49%。SSRs数量随着基序重复次数的增加而减少。10次(25.45%)、6次(15.34%)和5次(20.71%)重复的SSR数量最多。基于Krait v0.10.2软件共成功设计了1183对SSR引物,其中3对来自黄酮生物合成关键基因。

关 键 词：甜荞 根  转录组 SSR 特征  

分 类 号：S517]