文献类型：期刊文章

作　　者：张菲[1] 梁华悦[1] 钟姗妹[1] 覃彩[1] 杨垚[1] 梁娜[1] 蒋家晓[1] 梁冰玉[1,2] 梁浩[1,2]

ZHANG Fei;LIANG Huayue;ZHONG Shanmei;QIN Cai;YANG Yao;LIANG Na;JIANG Jiaxiao;LIANG Bingyu;LIANG Hao(Guangxi Key Laboratory of AIDS Prevention and Treatment&School of Public Health,Guangxi Medical University,Nanning 530021,China;Guangxi Collaborative Innovation Center for Biomedicine&Life Science Institute,Guangxi Medical University,Nanning 530021)

机构地区：[1]广西医科大学公共卫生学院广西艾滋病防治研究重点实验室,南宁530021 [2]广西医科大学生命科学研究院广西生物医药协同创新中心,南宁530021

出　　处：《中国艾滋病性病》

基　　金：国家“十三五”科技重大专项子课题(2018ZX10101002-001-006);国家自然科学基金(82060610)。

年　　份：2021

卷　　号：27

期　　号：6

起止页码：563-569

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAS、CSCD、CSCD2021_2022、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的对一条不能明确亚型的HIV-1近似全长基因组序列进行分析,确定毒株的重组特征及可能来源。方法利用近末端稀释法分两段进行HIV-1近似全长基因组的扩增,获取序列后使用SimPlot软件分析近似全长基因组序列的重组模式及断点,采用分片段构建ML进化树的方法确认重组断点准确性,绘制重组病毒的基因镶嵌模式图。对各基因片段与相应亚型的全部近似全长基因组序列构建ML进化树,推测其亲本毒株可能来源。结果扩增及测序后,获得一条长度为8943 bp(HXB2:649~9599)的HIV-1近似全长基因组序列。断点分析表明,该序列的重组模式是以CRF01AE为骨架插入CRF07BC片段,其中片段Ⅰ、Ⅲ和Ⅴ来自CRF01AE毒株,片段Ⅱ和Ⅳ来自CRF07BC毒株,4个重组断点相对应于HXB2的位置分别为3957、4224、5560和5899。亲本毒株来源分析表明,与片段Ⅰ、Ⅲ和Ⅴ成簇的CRF01AE序列主要来自东南亚国家如泰国、老挝、越南。片段Ⅱ和Ⅳ则与我国西南地区吸毒人群中的CRF07BC序列聚集。结论获得一株由CRF01AE和CRF07BC重组形成的HIV-1独特重组毒株,其亲本病毒中的CRF01AE可能与东南亚国家的毒株同源,而CRF07BC可能来自我国西南地区的吸毒人群。

关 键 词：1型艾滋病病毒  重组  近似全长基因组  系统进化 亲本来源

分 类 号：R373.9]