文献类型：期刊文章

作　　者：朱丽萍[1,2] 张文成[1] 颜世敢[1,2] 陈蕾蕾[2] 崔生辉[3]

ZHU Liping;ZHANG Wencheng;YAN Shigan;CHEN Leilei;CUI Shenghui(School of Bioengineering,Qilu University of Technology/Shandong Province Key Laboratory of Bioengineering,Jinan 250353,China;Institute of Agro-food Science and Technology,Shandong Academy of Agricultural Sciences,Jinan 250100,China;National Institute of Food and Drug Control,Beijing 100050)

机构地区：[1]齐鲁工业大学生物工程学院/山东省微生物工程重点实验室,山东济南250353 [2]山东省农业科学院农产品研究所,山东济南250100 [3]中国食品药品检定研究院,北京100050

出　　处：《畜牧与兽医》

基　　金：国家重点研发计划(2017YFC1601400);山东省重点研发计划(2014GGB01661)。

年　　份：2021

卷　　号：53

期　　号：6

起止页码：140-146

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：细菌分型与溯源对食品安全监管、流行病学调查具有重要意义。全基因组分型技术以全基因组多位点序列分型(whole genome multilocus sequence typing,wgMLST)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)、全基因组单核苷酸多态性(whole genome single nucleotide polymorphism,wgSNP)等为代表,具有分辨率高、重复性好的优点,能够实现精准溯源,逐渐成为细菌分型和溯源的主流技术。然而,wgMLST、wgSNP消耗巨大的计算资源,而且wgSNP对测序的准确性要求极高,推广难度大;相比之下,cgMLST需要较少的计算能力,应用性更强。本文重点介绍了细菌核心基因组的筛选、等位基因的赋值、cgMLST分型原理及操作步骤和细菌基因组溯源评价,为细菌的cgMLST分型与溯源提供了技术指导,有助于保证cgMLST分型结果的客观性和可比性。

关 键 词：细菌 核心基因组多位点序列分型  溯源  评价  

分 类 号：Q931]