文献类型：期刊文章

作　　者：李显煌[1,2,3] 杨生超[1,2] 辛雅萱[3] 屈亚亚[3] 杨琳懿[3] 冯发玉[3] 范伟[1,2] 辛培尧[3]

LI Xianhuang;YANG Shengchao;XIN Yaxuan;QU Yaya;YANG Linyi;FENG Fayu;FAN Wei;XIN Peiyao(Key Laboratory of Medicinal Plant Biology of Yunnan Province,Yunnan Agricultural University,Kunming 650201,China;National&Local Joint Engineering Research Center on Germplasm Innovation&Utilization of Chinese Medicinal Materials in Southwestern China,Yunnan Agricultural University,Kunming 650201,China;Southwest Research Center for Landscape Architecture Engineering,State Forestry and Grassland Administration,Southwest Forestry University,Kunming 650224,China)

机构地区：[1]云南农业大学,云南省药用植物生物学重点实验室,云南昆明650201 [2]云南农业大学,西南中药材种质创新与利用国家地方联合工程研究中心,云南昆明650201 [3]西南林业大学,国家林业局西南风景园林工程技术研究中心,云南昆明650224

出　　处：《云南农业大学学报（自然科学版）》

基　　金：云南省药用植物生物学重点实验室开放基金课题;云南省重大专项(2017ZF002)。

年　　份：2021

卷　　号：36

期　　号：3

起止页码：384-392

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、CSCD、CSCD2021_2022、JST、RCCSE、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：【目的】了解灯盏花[Erigeron breviscapus(Vant.)Hand-Mazz]叶绿体基因组密码子的使用偏好性。【方法】以灯盏花叶绿体基因组全序列为研究对象,利用CodonW 1.4.2软件和CUSP程序等对筛选出的47条CDS(coding DNA sequence)进行分析,并进行中性绘图、ENC-plot绘图和PR2-plot绘图分析。【结果】叶绿体基因组密码子中不同位置的GC碱基含量比值为GC_1>GC_2>GC_3,说明密码子末位碱基偏性以A/T(U)结尾;有效密码子数的均值为47.18,密码子使用偏性较弱;3种绘图分析结果发现:影响灯盏花叶绿体基因组密码子偏好性的主要因素是自然选择,也受到其他因素(如突变)的影响;最优密码子分析中确定了UUU、UUA和UUG等18个最优密码子,且大多数以A和U结尾,有且仅有1个以G结尾。【结论】灯盏花叶绿体基因组密码子第3位偏好性以A或U碱基结尾,密码子使用模式受选择和其他因素共同影响,其中选择的作用较大。该结果可为后续利用基因工程手段对外源基因密码子改造、提高所转基因在灯盏花叶绿体中的表达提供参考。

关 键 词：灯盏花 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子  

分 类 号：Q949.783.503[植物生产类]