期刊文章详细信息
基于SNP标记的小麦籽粒性状全基因组关联分析
Genome-wide Association Analysis of Wheat Grain Size Related Traits Based on SNP Markers
文献类型:期刊文章
ZHANG Fang;REN Yi;CAO JunMei;LI FaJi;XIA XianChun;GENG HongWei(College of Agriculture,Xinjiang Agricultural University/Key Laboratory of Agricultural Biological Technology,Urumqi 830052;Institute of Grain Crops,Xinjiang Academy of Agricultural Sciences,Urumqi 830091;Crop Research Institute,Shandong Academy of Agricultural Sciences/National Engineering Laboratory for Wheat and Maize/Key Laboratory of Wheat Biology and Genetic Improvement in North Huang-Huai River Valley,Ministry of Agriculture,Jinan 250100;Institute of Crop Science,Chinese Academy of Agricultural Sciences/National Wheat Improvement Center,Beijing 100081)
机构地区:[1]新疆农业大学农学院/农业生物技术重点实验室,乌鲁木齐830052 [2]新疆农业科学院粮食作物研究所,乌鲁木齐830091 [3]山东省农业科学院作物研究所/小麦玉米国家工程实验室/农业部黄淮北部小麦生物学与遗传育种重点实验室,济南250100 [4]中国农业科学院作物科学研究所/国家小麦改良中心,北京100081
基 金:新疆自治区天山雪松计划(科技创新领军人才后备人选)(2018XS04);新疆公益性科研院所基本科研业务经费资助项目(KY2019009)。
年 份:2021
卷 号:54
期 号:10
起止页码:2053-2063
语 种:中文
收录情况:BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、CSCD、CSCD2021_2022、EAPJ2020、GEOBASE、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊
摘 要:【目的】籽粒性状是影响小麦产量的重要因素,通过对小麦籽粒性状进行全基因组关联分析,发掘控制小麦籽粒性状显著位点,为小麦籽粒性状的遗传改良研究提供理论参考。【方法】以在新疆种植的121份小麦为材料,利用小麦50K SNP芯片,对粒长、粒宽、籽粒长宽比、籽粒面积、籽粒周长和千粒重6个性状进行基于混合线性模型MLM(Q+K)的全基因组关联分析。【结果】在不同环境间6个籽粒性状均表现出广泛的表型变异,其中千粒重变异系数最大为13.91%—17.79%,各籽粒性状遗传力为0.85—0.90。多态性信息含量PIC值为0.09—0.38,最小等位基因频率MAF值为0.05—0.50。群体结构分析表明,试验所用自然群体可分为4个亚群。GWAS结果表明,共检测到592个与6个性状显著关联位点(P<0.001),其中,涉及6个性状的29个SNP在2个及以上的环境中被重复检测到,分布于1A(5)、1B(2)、1D、2A(5)、3B、5A、5D、6B(4)、6D、7B和7D(7)染色体上,解释9.3%—22.7%的表型变异。检测到6个与粒长稳定的关联位点,分布在1A、2A和7D染色体上,解释9.9%—22.7%的表型变异;检测到2个与粒宽稳定的关联位点,分布在3B和5D染色体上,解释9.6%—12.2%的表型变异;检测到6个与籽粒长宽比稳定的关联位点,分布在2A(2)、5A、7B和7D(2)染色体上,解释10.1%—19.4%的表型变异;检测到3个与籽粒面积稳定的关联位点,分布在1A、1B和1D染色体上,解释9.9%—18.2%的表型变异;检测到6个与籽粒周长稳定的关联位点,分布在1A(2)、2A、6D和7D(2)染色体上,解释9.3%—22.6%的表型变异;检测到6个与千粒重稳定的关联位点,分布在1B、2A和6B染色体上,解释9.7%—12.9%的表型变异。挖掘到5个控制小麦籽粒性状一因多效显著关联位点,分布在1A、2A(2)和7D(2)染色体上,解释9.9%—22.7%的表型变异。【结论】本研究材料遗传多样性丰富,在自然群体中共发现29个与6个籽粒性状在2个及�
关 键 词:小麦 SNP标记 GWAS 籽粒性状
分 类 号:S512.1]
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