文献类型：期刊文章

作　　者：王卫振[1] 邓占钊[2] 辛国省[3] 虎红红[1] 禹宝军[1] 蔡正云[1] 顾亚玲[1] 张娟[1]

WANG Weizhen;DENG Zhanzhao;Xin Guosheng;HU Honghong;YU Baojun;CAI Zhengyun;GU Yaling;ZHANG Juan(School of Agriculture,Ningxia University,Yinchuan 750021,China;Pengyang County Animal Husbandry Technology Popularization Service Center,Guyuan 756599,China;School of Life Sciences/Ningxia Feed Engineering Technology Research Center,Ningxia University,Yinchuan 750021,China)

机构地区：[1]宁夏大学农学院,银川750021 [2]彭阳县畜牧技术推广服务中心,宁夏固原756599 [3]宁夏大学生命科学学院/宁夏饲料工程技术研究中心,银川750021

出　　处：《中国农业大学学报》

基　　金：国家自然科学基金项目(31860621)。

年　　份：2021

卷　　号：26

期　　号：4

起止页码：79-92

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、CSCD、CSCD2021_2022、JST、RCCSE、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：旨为分析静原鸡胸肌和腿肌中circRNA的表达模式与肌苷酸(Inosine monphosphate,IMP)在肌肉组织特异性沉积的关系。利用RNA-seq技术对选取的具有相同遗传背景180日龄静原鸡胸肌和腿肌进行全转录组测序,对获得的测序数据进行拼接、比对、注释和差异分析等,并对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,使用qRT-PCR对转录组结果进行表达量验证。结果表明:共筛选到circRNA 3283个,组织特异性表达circRNA 242个。以|log2Fold change|≥1,P<0.05为筛选条件,共得到差异circRNA 446个,DEGs 1100个,差异miRNA 36个;对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,两者都显著富集于糖酵解/糖异生通路和心肌细胞的肾上腺素信号传导,并且差异circRNA显著富集于嘌呤代谢通路,DEGs显著富集于氨基酸的生物合成、磷酸戊糖途径、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等与IMP合成高度相关的通路。对差异circRNA进行靶基因预测,构建circRNA-miRNA-mRNA可视化共表达网络,筛选到以novelcirc0013580、novelcirc0012931、novelcirc0011886、novelcirc0013588、novelcirc0007737和novelcirc0008274为核心的转录后调控因子和以PKM2、GART为核心的靶基因,靶向基因分析发现IMP合成关键调控因子可能来源于同一亲本基因的novelcirc0013580和novelcirc0013588,两者能够同时结合novel409作用于靶基因GART。对6个circRNA和6个miRNA qRT-PCR检测结果与全转录组测序结果趋势一致。综上,circRNA在静原鸡胸肌和腿肌中的差异性表达与IMP的特异性沉积具有相关性,为研究地方鸡种IMP在肌肉组织中特异性沉积的分子机制提供参考信息。

关 键 词：静原鸡  肌苷酸 全转录组  环状RNA  调控网络

分 类 号：S230.20]