文献类型：期刊文章

作　　者：杨国平[1,4] 叶敏霞[2] 张荣[1] 吴海磊[3] 罗岚[3] 郭晔[1] 朱军[1] 孙立新[4]

YANG Guo-ping;YE Min-xia;ZHANG Rong;WU Hai-lei;LUO Lan;GUO Ye;ZHU Jun;SUN Li-xin(Jiangsu International Travel Health Care Center,Nanjing 210019,China;Jiangsu Province Hospital of Chinese and Western Medcine,Nanjing 210029,China;Nanjing Customs,Nanjing 210019,China;Jiangsu Acadermy of Science and Technology for Inspection and Quarantine,Nanjing 210019,China)

机构地区：[1]江苏国际旅行卫生保健中心,江苏南京210019 [2]江苏省中西医结合医院,江苏南京210029 [3]南京海关,江苏南京210019 [4]江苏省检验检疫科学技术研究院,江苏南京210019

出　　处：《中华卫生杀虫药械》

基　　金：国家科技重大专项资助(编号:2018ZX10101003-002-003);南京海关科技项目(编号:2019KJ07)。

年　　份：2021

卷　　号：27

期　　号：2

起止页码：148-153

语　　种：中文

收录情况：CAB、CAS、IC、WOS、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：目的探明鼠类肠道细菌群落组成和多样性。方法分离鼠类完整肠道并提取总DNA,利用Oxford Nanopore Technologies公司(MK1C)的纳米孔单分子测序技术对其肠道细菌16S rRNA的全区序列进行测序,统计肠道细菌的操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)数量,分析其物种组成、丰度及Alpha、Beta多样性。结果获得鼠类肠道细菌16S rRNA优质序列1161377条,根据序列相似性进行聚类分析获得1484个OTUs。共注释到24个门,48个纲,113个目,241个科和534个属;在门分类水平上,以厚壁菌门Firmicutes和变形菌门Proteobacteria为优势门类;在属分类水平上,优势属为肠球菌Enterococcus、乳酸杆菌Lactobacillus和葡萄球菌Staphylococcus,其丰度分别为38.7%,17.65%和7.48%。Alpha多样性分析结果显示,鼠类肠道细菌的观测物种数、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数分别为1484、1825.77、3.91和0.058。Beta多样性分析结果显示臭鼬和小家鼠肠道菌群组成最接近,而黄胸鼠和小家鼠肠道菌群组成相差最大。结论鼠类肠道细菌菌群整体多样性比较丰富,可为有效评估鼠传疾病传播风险提供依据。

关 键 词：鼠类 肠道细菌 16S rRNA  高通量测序 物种多样性

分 类 号：S443]