文献类型：期刊文章

作　　者：原晓龙[1] 刘音[2] 康洪梅[1] 陈中华[1] 李云琴[1] 王毅[1]

Yuan Xiaolong;Liu Yin;Kang Hongmei;Chen Zhonghua;Li Yunqin;Wang Yi(Yunnan Provincial Key Laboratory of Cultivation and Exploitation of Forest Plants/Yunnan Provincial Key Laboratory of State Forestry Administration on Conservation of Rare,Endangered&Endemic Forest Plants,Yunnan Academy of Forestry and Grassland,Kunming Yunnan 650201,China;Kunming Sub-center,Monitor Center of Water Quality of Yunnan Province/Kunming Branch,Yunnan Bureau of Hydrology and Water Resources,Kunming Yunnan 650051,China)

机构地区：[1]云南省林业和草原科学院,云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室,云南昆明650201 [2]云南省水文水资源局昆明分局/云南省水环境监测中心昆明市分中心,云南昆明650051

出　　处：《西南林业大学学报（自然科学）》

基　　金：国家自然科学基金项目(31860177)资助;云南省应用基础研究青年项目(2016FD100,2017FD169)资助;云南省林业和草原科学院分子生物学研究团队(LKYTD-2020-001)资助。

年　　份：2021

卷　　号：41

期　　号：3

起止页码：15-22

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、IC、JST、RCCSE、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：为了解蒜头果叶绿体基因组密码子的使用偏性,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对蒜头果叶绿体基因组中33个基因的密码子进行中性绘图,应用ENC−plot、PR2−plot绘图分析并确定了其最优密码子。结果表明:蒜头果叶绿体基因组密码子的第3位碱基GC含量为28.43%,远低于第1位(47.74%)和第2位(41.05%),RSCU值大于1的密码子有30个,其中12个以A结尾,16个以U结尾,说明蒜头果叶绿体基因组的编码基因偏好以A和U结尾。GC_(12)和GC_(3)的相关系数为0.1646,相关性不显著,回归系数为0.0004;有效密码子数(ENC)范围为40.39~54.86,大于45的有25个,ENC比值主要分布在−0.05~0.05之外。蒜头果叶绿体基因组中的大部分基因分布在PR2平面图的下半部或右下半部,说明蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性更多地受选择的影响,同时亦受其他因素的影响。蒜头果叶绿体基因组的最优密码子确定为UUU、UUA、GUA等18个。

关 键 词：蒜头果 叶绿体 基因组 密码子 偏好性  

分 类 号：S792] Q781[林学类]