文献类型：期刊文章

作　　者：周群[1] 陈小飞[2] 阚蕊慈[1] 李玉[1] 曹慧[1] 彭艳伶[3] 张斌[1,4]

ZHOU Qun;CHEN XiaoFei;KAN RuiCi;LI Yu;CAO Hui;PENG YanLing;ZHANG Bin(College of Life Science and Technology,Southwest University for Nationalities,Chengdu 610041;College of Veterinary Medicine,South China Agricultural University,Guangzhou 510642;Animal Husbandry Bureau of Xichang City,Xichang 615000,Sichuan;Key Laboratory of Qinghai-Tibetan Plateau Animal Genetic Resource Reservation and Utilization of Ministry of Education/Sichuan Province,Chengdu 610041)

机构地区：[1]西南民族大学生命科学与技术学院,成都610041 [2]华南农业大学兽医学院,广州510642 [3]西昌市畜牧局,四川西昌615000 [4]青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部/四川省重点实验室,成都610041

出　　处：《中国农业科学》

基　　金：国家自然科学基金(31772766);四川应用基础研究计划(2020YJ0247);西南民族大学中央高校基本科研业务费专项资金(2020NYB21)。

年　　份：2021

卷　　号：54

期　　号：5

起止页码：1063-1072

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、CSCD、CSCD2021_2022、EAPJ2020、GEOBASE、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：【目的】通过对四川地区规模化猪场A群轮状病毒(RVA)的分子检测,从而了解RVA流行情况及分子特征,为猪RVA疫苗研制提供理论基础。【方法】2017—2019年从四川省14个地区40个猪场采集303份仔猪腹泻样本,用荧光定量RT-PCR方法调查RVA的分子流行率,用RT-PCR方法对RVA阳性样本进行分型和VP4和VP7全基因组的扩增,用Rota C2.0软件确定相应毒株的基因型,用MegAlign软件进行同源性分析,通过MEGA 7.0软件用邻近法构建系统进化树,用SimPlot和RDP4软件进行重组分析。【结果】303份仔猪腹泻样本检出RVA阳性样本98份,阳性率为32.34%(98/303,95%CI=27.1%—37.9%)。从98份RVA阳性样本中扩增出39个VP7片段,G9为优势基因型(41%),G4、G5、G26和G3各占23%、28.2%、5.1%和2.7%。扩增出的59个P型中以P[13]型为主,占40.7%,其次为P[6]、P[23]和P[1]型,分别占30.5%、23.7%和5.1%。30株毒株成功鉴定出G/P基因型,G9P[23](23.3%)为优势组合基因型。其他基因型为G4P[6](16.7%)、G9P[13](13.3%)、G5P[23](10%)、G5P[13](10%)、G9P[6](6.7%)、G26P[13](6.7%)、G4P[13](6.7%)、G4P[23](3.3%)和G3P[13](3.3%)。基因型G5P[23]、G4P[13]、G9P[6]、G26P[13]和G4P[23]为国内首次鉴定。此外,重组分析表明4株毒株在VP7或VP4基因上存在重组现象。【结论】四川地区腹泻仔猪粪便中RVA的流行率高且基因型复杂,优势组合基因型为G9P[23]。该结果丰富了四川地区RVA的流行病学资料,对四川地区猪RVA的防控提供了重要参考。

关 键 词：猪A群轮状病毒  分子流行病学 基因组研究 重组  

分 类 号：S858.28]