文献类型：期刊文章

作　　者：杜宇[1] 祝智威[1] 王杰[1] 王秀娜[3,4] 蒋海宾[1] 范元婵[1] 范小雪[1] 陈华枝[1] 隆琦[1] 蔡宗兵[1] 熊翠玲[1,2] 郑燕珍[1] 付中民[1,2] 陈大福[1,2] 郭睿[1,2]

DU Yu;ZHU ZhiWei;WANG Jie;WANG XiuNa;JIANG HaiBin;FAN YuanChan;FAN XiaoXue;CHEN HuaZhi;LONG Qi;CAI ZongBing;XIONG CuiLing;ZHENG YanZhen;FU ZhongMin;CHEN DaFu;GUO Rui(College of Animal Sciences(College of Bee Science),Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou 350002;Apitherapy Research Institution,Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou 350002;College of Life Sciences,Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou 350002;Key Laboratory of Pathogenic Fungi and Mycotoxins of Fujian Province(Fujian Agriculture and Forestry University),Fuzhou 350002)

机构地区：[1]福建农林大学动物科学学院(蜂学学院),福州350002 [2]福建农林大学蜂疗研究所,福州350002 [3]福建农林大学生命科学学院,福州350002 [4]福建省病原真菌与真菌毒素重点实验室(福建农林大学),福州350002

出　　处：《中国农业科学》

基　　金：国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-44-KXJ7);福建省自然科学基金(2018J05042);福建农林大学杰出青年科研人才计划(xjq201814);福建农林大学优秀硕士学位论文资助基金(杜宇);福建省病原真菌与真菌毒素重点实验室开放课题(郭睿);江西省蜜蜂生物学与饲养重点实验室开放基金(JXKLHBB-2020-04)。

年　　份：2021

卷　　号：54

期　　号：4

起止页码：864-876

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、CSCD、CSCD2021_2022、GEOBASE、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：【目的】利用第三代纳米孔(nanopore)长读段测序技术对蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)的纯化菌丝(Aam)和孢子(Aas)进行测序,构建和注释球囊菌的高质量全长转录组。【方法】通过Oxford Nanopore PromethION平台对Aam和Aas进行测序。利用Guppy软件对原始读段(raw reads)进行碱基识别(base calling),通过过滤短片段和低质量原始读段得到有效读段(clean reads)。通过识别两端引物鉴定全长转录本序列。通过比对Nr、Swissprot、KOG、eggNOG、Pfam、GO和KEGG数据库获得全长转录本的注释信息。分别利用CPC、CNCI、CPAT、Pfam 4种方法对长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)进行预测,取四者的交集作为高可信度的lncRNA。【结果】Aam和Aas的纳米孔测序分别测得6321704和6259727条原始读段,经质控得到5669436和6233159条有效读段,其中包含的全长有效读段分别为4497102(79.32%)和4963101(79.62%)条。共鉴定到9859和16795条非冗余全长转录本,N50分别为1482和1658 bp,平均长度分别为1187和1303 bp,最大长度分别为6472和6815 bp。Venn分析结果显示有6512条非冗余全长转录本为菌丝和孢子所共有,分别有3347和10283个非冗余全长转录本为二者特有。此外,在球囊菌菌丝和孢子中共鉴定到20142条全长转录本,其中分别有20809、11151、17723、12164、11340和9833条全长转录本可注释到Nr、KOG、eggNOG、Pfam、GO和KEGG数据库。注释全长转录本数量最多的物种是球囊菌、Polytolypa hystricis和荚膜组织胞浆菌(Histoplasma capsulatum)。GO数据库注释结果显示,上述全长转录本可注释到45个功能条目,涉及细胞组件、细胞和细胞器等细胞组分相关条目;催化活性、结合和转运器活性等分子功能相关条目;以及细胞进程、代谢进程和单一组织进程等生物学进程相关条目。KEGG数据库注释结果显示,上述全长转录本还可注释到抗生素的生物合成、核糖体、氨基酸的�

关 键 词：第三代高通量测序技术  纳米孔测序  全长转录本  参考转录组  蜜蜂 蜜蜂球囊菌

分 类 号：S895.137]