文献类型：期刊文章

作　　者：陈华枝[1] 杜宇[1] 范小雪[1] 祝智威[1] 蒋海宾[1] 王杰[1] 范元婵[1] 熊翠玲[1,2] 郑燕珍[1] 付中民[1,2] 徐国钧[1] 陈大福[1] 郭睿[1,2]

CHEN Hua-Zhi;DU Yu;FAN Xiao-Xue;ZHU Zhi-Wei;JIANG Hai-Bin;WANG Jie;FAN Yuan-Chan;XIONG Cui-Ling;ZHENG Yan-Zhen;FU Zhong-Min;XU Guo-Jun;CHEN Da-Fu;GUO Rui(College of Animal Sciences(College of Bee Science),Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou 350002,China;Apitherapy Research Institute,Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou 350002,China)

机构地区：[1]福建农林大学动物科学学院(蜂学学院),福州350002 [2]福建农林大学蜂疗研究所,福州350002

出　　处：《昆虫学报》

基　　金：国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目(CARS-44-KXJ7);福建省自然科学基金项目(2018J05042);福建省教育厅中青年教师教育科研项目(JAT170158);福建农林大学杰出青年科研人才计划项目(xjq201814);福建农林大学科技创新专项基金项目(CXZX2017342,CXZX2017343);福建省大学生创新创业训练计划项目(3165602032,3155006018)。

年　　份：2020

卷　　号：63

期　　号：12

起止页码：1461-1472

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSCD、CSCD2019_2020、JST、PROQUEST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：【目的】本研究旨在利用Oxford Nanopore测序技术组装和注释东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae的高质量全长转录组。【方法】采用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫的纯净孢子进行转录组测序。通过识别每条clean read两端引物鉴定全长转录本序列。利用Blast工具将全长转录本比对Nr,Swiss-Prot,KOG,eggNOG,Pfam,GO和KEGG数据库,获得相应注释信息。分别利用蛋白结构域分析方法CPC,CNCI,CPAT和Pfam对长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)进行预测,获得高可信度lncRNA。利用CPM(counts per million)法计算每一条全长转录本的表达量。【结果】利用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫转录组测序共测得6988795条raw reads,经质控获得6953469条clean reads,其中包含5143999条全长转录本。共鉴定到10243条非冗余全长转录本,N50和平均读长分别为1042 bp和894 bp,最大读长为4855 bp。有9342,4038,4283,2569,4859和3450条全长转录本分别注释到Nr,KOG,eggNOG,Pfam,GO和KEGG数据库。注释到东方蜜蜂微孢子虫、蜜蜂微孢子虫Nosema apis和家蚕微孢子虫Nosema bombycis的全长转录本数量最多。共鉴定到87条高可信度lncRNA,包含49条正义链lncRNA(sense lncRNA)、25条反义链lncRNA(anti-sense lncRNA)和13条基因间区lncRNA。本研究的测序量足以检测到全部表达的全长转录本,全长转录本的表达量(CPM)范围在0.1到10000以上。【结论】本研究构建和注释了东方蜜蜂微孢子虫的高质量全长转录组数据,可为病原的比较转录组分析、转录本的可变剪接和可变腺苷酸化分析、简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点挖掘、基因结构优化以及基因全长序列克隆及功能研究提供关键基础。

关 键 词：东方蜜蜂微孢子虫  全长转录组  长链非编码RNA 第三代测序技术  纳米孔测序  

分 类 号：S895.3]