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期刊文章详细信息

基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析    

Genetic diversity and population structure analysis by SNP and InDel markers of cassava in Brazil

  

文献类型:期刊文章

作  者:孙倩[1,2] 邹枚伶[2] 张辰笈[2,4] 江思容[2,5] Eder Jorge de Oliveira[6] 张圣奎[7] 夏志强[2,3,4] 王文泉[2,3,4,5] 李有志[1]

SUN Qian;ZOU Mei-Ling;ZHANG Chen-Ji;JIANG Si-Rong;Eder Jorge de Oliveira;ZHANG Sheng-Kui;XIA Zhi-Qiang;WANG Wen-Quan;LI You-Zhi(College of Life Science and Technology/State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Subtropical Agro-bioresources,Guangxi University,Nanning 530004,Guangxi,China;Institute of Tropical Biosciences and Biotechnology,Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences,Haikou 571101,Hainan,China;Tropical Bio-omics and Big-Data Center,Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences,Haikou 571101,Hainan,China;Hainan University,Haikou 570203,Hainan,China;Nanjing Agricultural University,Nanjing 210095,Jiangsu,China;Embrapa Mandioca e Fruticultura,Cruz das Almas,Bahia 44380-000,Brazil;Qilu University of Technology,Jinan 250306,Shandong,China)

机构地区:[1]广西大学生命科学与技术学院/亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室,广西南宁530004 [2]中国热带农业科学院热带生物技术研究所,海南海口571101 [3]中国热带农业科学院热带生物组学大数据中心,海南海口571101 [4]海南大学,海南海口570203 [5]南京农业大学,江苏南京210095 [6]Embrapa Mandioca e Fruticultura,Cruz das Almas,Bahia 44380-000,Brazil [7]齐鲁工业大学,山东济南250306

出  处:《作物学报》

基  金:国家重点研发计划项目(2019YFD1001100);国家自然科学基金-CG联合基金项目(31861143005);滇桂黔石漠化地区特色作物产业发展关键技术集成示范项目(SMH2019-2021);中国热带农业科学院基本科研业务费专项(1630052019022)资助。

年  份:2021

卷  号:47

期  号:1

起止页码:42-49

语  种:中文

收录情况:AJ、BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、CSCD、CSCD2021_2022、EBSCO、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、ZGKJHX、核心刊

摘  要:为了对巴西木薯种质资源进行遗传多样性、亲缘关系和群体遗传结构分析,本研究利用了7946个SNPs和1997个InDels分子标记,通过ADMIXTURE软件进行群体结构分析、GCTA软件进行主成分分析。结果显示,巴西木薯被划分为9个亚群。这与利用PHYLIP进行的聚类分析结果大概一致,其中亚群1、亚群2、亚群4、亚群6和亚群8能较好地分别聚在一起,而其他亚群中的样品大致能聚在一起,且样品间有一定的交叉。巴西木薯种质资源遗传多样性指数(0.274)高于中国、尼日利亚等,其中巴西木薯亚群5具有相对较高的遗传多样性水平(0.29)。巴西木薯各亚群的群体遗传分化程度较低(群体分化指数在0.03~0.15之间),但高于中国木薯种质资源的群体分化指数。各木薯材料间的遗传距离变幅为0.084~0.297,平均遗传距离为0.228。本研究结果可为后续关联分析发掘优良等位基因及引种提供依据。

关 键 词:木薯 SNP INDEL 遗传多样性  群体结构  

分 类 号:S533]

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