文献类型：期刊文章

作　　者：郑兰兰[1] 张旭东[2] 姚淞元[1] 何志凯[1] 李琛[1,3] 张勇洪[1]

ZHENG Lan-lan;ZHANG Xu-dong;YAO Song-yuan;HE Zhi-kai;LI Chen;ZHANG Yong-hong(Laboratory of Medicinal Plant,Institute of Basic Medical Sciences,Hubei University of Medicine,Shiyan,Hubei 442000,China;Laboratory Animal Center,Hubei University of Medicine,Shiyan,Hubei 442000,China;Hubei Key Laboratory of Wudang Local Chinese Medicine Research,Hubei University of Medicine,Shiyan,Hubei 442000,China)

机构地区：[1]湖北医药学院基础医学院药用植物实验室,湖北十堰442000 [2]湖北医药学院实验动物中心,湖北十堰442000 [3]湖北医药学院武当特色中药研究湖北省重点实验室,湖北十堰442000

出　　处：《湖北医药学院学报》

基　　金：国家自然科学基金(31701294,31801210);湖北省卫生健康委员会项目(WJ2017F068,ZY2019Q004);湖北医药学院高层次人才启动金(2017QDJZR26,2016QDJZR14);药用资源与天然药物化学教育部重点实验室开放基金(2019005);湖北省重点实验室建设基金(WLSP201905)。

年　　份：2020

卷　　号：39

期　　号：5

起止页码：427-431

语　　种：中文

收录情况：CAS、普通刊

摘　　要：目的:基于基因组调研分析,开发药用植物鸦胆子基因组遗传资源。方法:本研究采用Illumina高通量测序技术,借助K-mer分析工具揭示鸦胆子基因组大小、杂合度和GC含量等分子遗传学特征,利用MISA方法开发SSR分子标记。结果:提取鸦胆子叶片基因组DNA,构建350 bp文库,利用Illumina测序平台获取56.78 Gb高质量的数据,分析结果显示,鸦胆子的基因组大小为1.14 Gb,基因组杂合度为0.15%,基因组的GC含量为32.90%,重复序列比例为71.58%。在350 bp文库中随机选取10000条单端reads,与NT库进行BLAST比对,发现在已公布序列信息的物种之中,鸦胆子与同科异属植物塞子木(Leitneria floridana)的reads数匹配率最高,达40.52%。此外,根据已测基因序列,预测和开发SSR分子标记,总计530867,其中,单、双、三核苷酸重复模体分别占比57.83%、31􀆰59%、9.20%。结论:鸦胆子基因组特征是重复序列比例高,序列比对分析结果提示鸦胆子与美洲原产植物塞子木的亲缘度高。基因组调研及SSR分子标记开发为开展鸦胆子资源保护、分子遗传和品种选育等工作提供了必要基础。

关 键 词：高通量测序 鸦胆子 基因组调研  遗传信息

分 类 号：S567.19]